BioNumerics 8.0微生物分析軟件

產(chǎn)品簡(jiǎn)介

我公司為BioNumerics中國(guó)區(qū)域代理商，BioNumerics 8.0微生物分析軟件是一款集數(shù)據(jù)存儲(chǔ)與分析功能于一體的生物信息分析軟件，集成多種統(tǒng)計(jì)及分析算法，實(shí)現(xiàn)多類(lèi)型生物數(shù)據(jù)的聚類(lèi)與挖掘分析。軟件很好的滿(mǎn)足了研究機(jī)構(gòu)或診斷機(jī)構(gòu)對(duì)不同的生物學(xué)數(shù)據(jù)進(jìn)行分析的要求。這套軟件系統(tǒng)已經(jīng)得到了很多研究機(jī)構(gòu)，包括疾控中心，大學(xué)，醫(yī)院，公共醫(yī)療中心，食品，藥物和制藥企業(yè)等各種實(shí)驗(yàn)室的廣泛認(rèn)可。

BioNumerics 8.0微生物分析軟件是一款用戶(hù)友好型、專(zhuān)為微生物全基因組分型設(shè)計(jì)的、無(wú)需專(zhuān)業(yè)的生物信息學(xué)技能即可使用的自動(dòng)化數(shù)據(jù)分析解決方案，可以應(yīng)用于暴發(fā)、耐藥、毒力等細(xì)菌基因組分析中，目前已經(jīng)被眾多研究學(xué)者應(yīng)用于細(xì)菌全基因組分型(如cgMLST)數(shù)據(jù)分析該軟件可以處理微生物 NGS和Sanger 序列數(shù)據(jù)，軟件包含從測(cè)序原始數(shù)據(jù)導(dǎo)入，拼接及分析的一系列自動(dòng)化工具，因此微生物學(xué)者可以將NGS全基因組測(cè)序技術(shù)和 Ridom SeqSphere+ 軟件自動(dòng)化數(shù)據(jù)分析解決方案輕松應(yīng)用于微生物全基因組分型的日常研究工作中。

版本更新

模塊調(diào)整：取消單獨(dú)的數(shù)據(jù)庫(kù)共享模塊，使其成為標(biāo)準(zhǔn)配置；新增全基因組圖譜模塊和基因組分析工具模塊；矩陣類(lèi)型模塊并入特征類(lèi)型模塊；染色體比對(duì)和注釋模塊并入基因組分析工具模塊；分子分析工具模塊并入序列類(lèi)型模塊。

軟件性能升級(jí)：新增了類(lèi)似Google的搜索窗口，可以迅速檢索實(shí)驗(yàn)。增加了直接從微軟Excel文件導(dǎo)入數(shù)據(jù)的功能。更快地電泳圖處理能力，軟件分析實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)時(shí)間縮短30%以上。數(shù)據(jù)庫(kù)容量達(dá)到10GB，使用默認(rèn)的微軟SQLExpress 數(shù)據(jù)庫(kù)引擎。更加友好的人機(jī)界面，更多快捷工具，改進(jìn)了在線幫助功能。通過(guò)向?qū)椭鷮?dǎo)入不同類(lèi)型的數(shù)據(jù)或數(shù)據(jù)源，可以更好地控制數(shù)據(jù)更新。最重要的，軟件的總體性能被極大提高，可以更快速、更靈敏地處理大批量數(shù)據(jù)。

分析功能更加強(qiáng)大：支持導(dǎo)入和分析各種類(lèi)型的光譜數(shù)據(jù)，使光譜數(shù)據(jù)綜合處理、總結(jié)和分析成為可能（例如：MALDI-TOF,LCMS和ESI圖譜）。改進(jìn)的指紋曲線處理（Fingerprint CurveProcessing）窗口，能更快的預(yù)處理，更可靠的標(biāo)準(zhǔn)化處理多通道毛細(xì)管電泳數(shù)據(jù)。新的序列讀取集(sequence read sets)數(shù)據(jù)類(lèi)型為分析Next-Gen測(cè)序讀取集提供了一個(gè)完整的軟件環(huán)境，新的基因組分析工具模塊可以進(jìn)行更深入的宏基因組研究。新的全基因組圖譜模塊被用來(lái)分析高分辨率有序全基因組限制圖譜，能夠提供高度細(xì)節(jié)化的菌株信息，主要應(yīng)用于(流行病學(xué)的)菌株分型和特征描述上。運(yùn)算法基于相似值、數(shù)字?jǐn)?shù)據(jù)、二進(jìn)制數(shù)據(jù)或分類(lèi)數(shù)據(jù)矩陣，廣泛的參數(shù)優(yōu)化和交叉驗(yàn)證。

目前，BioNumerics平臺(tái)是幾乎所有生物數(shù)據(jù)綜合分析的模塊化軟件。

APPLICATION MODULES 應(yīng)用模塊

Fingerprint Types 指紋類(lèi)型：可以對(duì)凝膠圖譜、自動(dòng)測(cè)序儀數(shù)據(jù)、實(shí)驗(yàn)芯片系統(tǒng)的電泳指紋圖譜等進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化處理和分析，如PFGE、MALDI光譜數(shù)據(jù)的預(yù)處理和分析；同時(shí)該模塊也被應(yīng)用于AFLP、RFLP、RAPD、REP-PCR、ARDRA、IEF、DGGE、TGGE等技術(shù)方法和實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)分析中。用戶(hù)可以創(chuàng)建一個(gè)凝膠電泳（PFGE）實(shí)驗(yàn)類(lèi)型，根據(jù)實(shí)驗(yàn)需求設(shè)定biomark，標(biāo)記分子量，自動(dòng)搜索條帶，進(jìn)行條帶相似度的設(shè)置，相似系數(shù)和聚類(lèi)分析等。模塊一個(gè)重要的創(chuàng)新是可以根據(jù)參考系統(tǒng)對(duì)條帶的位置，圖像進(jìn)行即時(shí)的標(biāo)準(zhǔn)化處理，可以自動(dòng)把參考系統(tǒng)的參考值映射到其它任何圖譜上。這樣，在不同條件下用不同的參考標(biāo)記生成的圖像，把它們放在一起顯示，條帶可以匹配在一起。

Character Types 特征類(lèi)型：用特征字符型數(shù)據(jù)，用戶(hù)可以定義任何特征字符；利用矩陣類(lèi)型數(shù)據(jù)，可以導(dǎo)入外部的相似矩陣或距離矩陣。在多位點(diǎn)VNTR分析（MLVA）中，該模塊提供了自動(dòng)化的分析流程；特征類(lèi)型的例子還包括脂肪酸數(shù)據(jù)矩陣，代謝消化或酶活性檢測(cè)，包括抗生素耐藥譜、API、Biolog、Vitek、形態(tài)學(xué)和生化特性、微陣列和基因芯片等。BioNumerics里面的特征字符型數(shù)據(jù)的大小可以是單個(gè)特征，也可以是基因芯片試驗(yàn)的成千上萬(wàn)的基因表達(dá)值。矩陣可以和BioNumerics里的其它數(shù)據(jù)庫(kù)的記錄相連，從而關(guān)聯(lián)起來(lái)得到用戶(hù)想要的分類(lèi)和鑒定，此種數(shù)據(jù)的典型例子是DNA同源性相似度的表格。

Sequence Types：序列類(lèi)型 用戶(hù)可以輸入核酸和氨基酸序列，組合和分析Sanger序列數(shù)據(jù)和NGS序列讀取，使用各種各樣的序列分析、搜索和校準(zhǔn)及比較工具；基于核酸序列的測(cè)定，該模塊常用于多位點(diǎn)序列分型（multilocussequence typing，MLST）中；Bionumerics可以廣泛的識(shí)別各種序列格式，包括EMBL、GenBank和Fasta格式。它整合了對(duì)成千上萬(wàn)的長(zhǎng)度不限的核苷酸或蛋白序列的多序列比對(duì)，并能顯示同源矩陣。用戶(hù)能夠根據(jù)自己的需求設(shè)定特定的比對(duì)的參數(shù)；同時(shí)可以對(duì)根據(jù)多序列比對(duì)產(chǎn)生的系統(tǒng)發(fā)生樹(shù)進(jìn)行人工的修改，或?qū)μ囟ǖ牟糠中蛄袠?gòu)建樹(shù)。這個(gè)模塊的功能包含了分子分析工具模塊，能夠進(jìn)行開(kāi)放讀碼框架分析，預(yù)測(cè)蛋白序列；限制性酶切分析，引物設(shè)計(jì)等。

Trend Data Types：趨勢(shì)數(shù)據(jù)類(lèi)型 在代謝及酶活性的動(dòng)力學(xué)分析、生長(zhǎng)曲線、實(shí)時(shí)PCR或者用微陣列做的時(shí)間過(guò)程實(shí)驗(yàn)中，雖然一個(gè)實(shí)驗(yàn)有多個(gè)輸入大部分是以時(shí)間為方程做的，但是它們也可能基于其它的參數(shù)，比如基于不同濃度的方程。該模塊提供了十二種不同的曲線擬合模型，基于這些模型，可以推出特異的參數(shù)，也可以用于分析及比較。用戶(hù)也可以加入自己的參數(shù)比如統(tǒng)計(jì)參數(shù)、斜率及在某一固定X的值等。

ANALYSIS MODULES分析模塊

Tree and Network Inference 聚類(lèi)分析和建樹(shù)：自計(jì)算技術(shù)應(yīng)用到生物學(xué)領(lǐng)域以來(lái)，聚類(lèi)分析被廣泛的用在分類(lèi)、篩選、定型和流行病學(xué)中。在BioNumerics中通過(guò)組合關(guān)系數(shù)據(jù)庫(kù)的各種理念，把多種實(shí)驗(yàn)關(guān)聯(lián)在一起，并有多種有效的聚類(lèi)算法。其中組合聚類(lèi)可以通過(guò)選擇不同的實(shí)驗(yàn)組合來(lái)實(shí)現(xiàn)，并應(yīng)用各種不同的方法得到組合的系統(tǒng)樹(shù)圖?；诿總€(gè)實(shí)驗(yàn)得到的信息量，相似度可以采用單個(gè)實(shí)驗(yàn)得來(lái)的值并用用戶(hù)定義或程序算出的權(quán)重進(jìn)行均分；增量聚類(lèi)分析，內(nèi)置的增量聚類(lèi)算法可以允許在已有的系統(tǒng)樹(shù)圖里粘貼大批量的記錄，或者刪除大批量的記錄，而不用重新計(jì)算，這個(gè)方法可讓我們進(jìn)行橫向的聚類(lèi)，得到一個(gè)同時(shí)把數(shù)據(jù)記錄及特征進(jìn)行聚類(lèi)的綜合視圖，以便讓用戶(hù)方便地找到判定并區(qū)分幾組相關(guān)數(shù)據(jù)庫(kù)記錄的特征。   Dimensioning and Matrix Mining 多維技術(shù)和矩陣類(lèi)型 在多維聚類(lèi)分析技術(shù)中，本系統(tǒng)可以把數(shù)據(jù)庫(kù)中的記錄按兩維或多維空間進(jìn)行聚類(lèi)分析，而不只是等級(jí)的或者像系統(tǒng)樹(shù)一樣的聚類(lèi)結(jié)構(gòu)。這些技術(shù)包括：主成分分析(PCA)，多向度度量法（MDS）。BioNumerics的一個(gè)創(chuàng)新的特征之一是可以根據(jù)系統(tǒng)樹(shù)圖的關(guān)系連接到空間分散的記錄上去，這樣不僅可以輕松的比較兩種分組方法，而且可以幫助用戶(hù)更加深入的理解不同的分類(lèi)組之間的關(guān)系；判別分析，可以幫助發(fā)現(xiàn)不同的數(shù)據(jù)庫(kù)記錄或特征分組結(jié)果的關(guān)系，而且計(jì)算這些分組的統(tǒng)計(jì)學(xué)的顯著性水平。該模塊提供了大量生物統(tǒng)計(jì)分析工具，可以進(jìn)行chi-squaretest、T-test、Wilcoxon signed-ranks test、Kruskal-Wallis test、ANOVA、Pearsoncorrelation test、Spearmann rank-order test，并具有作圖功能。

Genome Analysis Tools 基因組分析工具：基因組分析工具模塊提供基因組和染色體的平行比較分析，分析基因組的組織功能特性，染色體多重比對(duì)分析和染色體SNP位點(diǎn)分析。它整合宏基因組分析和染色體對(duì)比及注釋工具，進(jìn)行微生物宏基因組多樣性分析；基于高通量測(cè)序的分類(lèi)學(xué)標(biāo)記基因，為描繪細(xì)菌群落提供了宏基因組工具。BioNumerics使用的是Kodon軟件中獲取經(jīng)過(guò)嚴(yán)格驗(yàn)證的技術(shù)，運(yùn)用其各種專(zhuān)門(mén)的基因組比對(duì)和分析功能。同時(shí)，染色體對(duì)比和注釋工具包含在此模塊中。

Classifiers and Identification 分類(lèi)和鑒定：運(yùn)用分類(lèi)鑒定方法對(duì)未知物種進(jìn)行鑒定，如Naive Bayesian, SVM, Shrunken Centroids等。根據(jù)不同的實(shí)驗(yàn)來(lái)鑒定未知的生物體也是BioNumerics進(jìn)步之一，這個(gè)鑒定方法是建立在文庫(kù)基礎(chǔ)上的，對(duì)未知生物體或物種的鑒定是根據(jù)其與已知文庫(kù)中的其它的已有庫(kù)單位的相似性來(lái)決定的，在聚類(lèi)分析中用到的對(duì)相似性范圍和距離的定義也可以在這里應(yīng)用；同時(shí)，通過(guò)對(duì)不同的數(shù)據(jù)集的已知或者未知數(shù)據(jù)記錄的共評(píng)價(jià)也將最終得到一個(gè)更加可靠的一致性的鑒定。

Versioning & Audit Trails 審計(jì)與跟蹤管理：記錄所有數(shù)據(jù)庫(kù)項(xiàng)目的更改、用戶(hù)登錄、導(dǎo)出XML報(bào)告、數(shù)字化簽名等。創(chuàng)建審計(jì)數(shù)據(jù)庫(kù)（尤其是滿(mǎn)足FDA21CFR Part11規(guī)范要求）記錄所有的變化，并保持所有版本的選定的數(shù)據(jù)庫(kù)對(duì)象，比較和還原版本，記錄用戶(hù)活動(dòng)，創(chuàng)建數(shù)字簽名權(quán)限。

售后服務(wù)

安裝調(diào)試：現(xiàn)場(chǎng)安裝軟件，并對(duì)客戶(hù)培訓(xùn)。

提供軟件版本的免費(fèi)升級(jí)。

提供不少于每年1次的線上培訓(xùn)。

提供1年的免費(fèi)維護(hù)，接到用戶(hù)通知后24小時(shí)內(nèi)響應(yīng)。