GO功能注釋及富集分析檢測技術(shù)服務(wù)

GO功能注釋及富集分析檢測技術(shù)服務(wù)詳情介紹

GO（Gene Ontology）是基因本體聯(lián)合會(huì)（Gene Ontology Consortium）所建立的數(shù)據(jù)庫，旨在建立一個(gè)適用于各種物種的，對(duì)基因和蛋白功能進(jìn)行限定和描述的，并能隨著研究不斷深入而更新的語義詞匯標(biāo)準(zhǔn)，適用于各物種。通過建立一套具有動(dòng)態(tài)形式的控制字集（controlled vocabulary），來描述基因及蛋白質(zhì)在細(xì)胞內(nèi)所扮演的角色，從而來全面描述生物體中基因和基因產(chǎn)物的屬性。GO數(shù)據(jù)庫總共有三大類，分別是生物學(xué)過程（Biological Process, BP）、細(xì)胞定位（Cellular Component, CC）和分子功能（Molecular Function, MF），各自描述了基因產(chǎn)物可能行使的分子功能，所處的細(xì)胞環(huán)境，以及參與的生物學(xué)過程。GO數(shù)據(jù)庫中一個(gè)基本的概念是節(jié)點(diǎn)，每個(gè)節(jié)點(diǎn)都有一個(gè)名稱，比如“Cell”、“Fibroblast Growth Factor Receptor Binding”或者“Signal Transduction”，同時(shí)有一個(gè)wéiyī的編號(hào)，如“GO:nnnnnnn”?；阼b定到的蛋白ID，采用mapping的方式從Uniprot數(shù)據(jù)庫中得到蛋白質(zhì)的GO數(shù)據(jù)庫注釋信息，對(duì)蛋白質(zhì)進(jìn)行功能分類注釋。針對(duì)BP、CC和MF中所涉及的GO節(jié)點(diǎn)，列出所有相應(yīng)蛋白質(zhì)個(gè)數(shù)，同時(shí)分別對(duì)表達(dá)蛋白的二級(jí)分類情況做出統(tǒng)計(jì)圖。

1. GO二級(jí)分類統(tǒng)計(jì)圖

圖1 差異表達(dá)蛋白的GO二級(jí)注釋

注：橫坐標(biāo)為GO分類，縱坐標(biāo)左邊為蛋白數(shù)目所占百分比，右邊為蛋白數(shù)目。此圖展示的是在差異表達(dá)上調(diào)蛋白和下調(diào)蛋白GO各二級(jí)功能的蛋白富集情況，體現(xiàn)兩個(gè)調(diào)節(jié)方向下各二級(jí)功能的地位，具有明顯比例差異的二級(jí)功能說明差異表達(dá)上調(diào)蛋白與下調(diào)蛋白的富集趨勢不同，可以重點(diǎn)分析此功能是否與差異相關(guān)。

2. GO levels分類統(tǒng)計(jì)圖

根據(jù)不同levels中GO節(jié)點(diǎn)注釋到的蛋白數(shù)量，選擇páimíngqián20個(gè)GO節(jié)點(diǎn)進(jìn)行展示，如圖所示：

圖2 蛋白質(zhì)在不同level中的注釋結(jié)果統(tǒng)計(jì)圖

注：橫坐標(biāo)是富集到蛋白的百分比，縱坐標(biāo)是按層級(jí)從小到大排列。不同level用不同的顏色顯示，每個(gè)柱子后面的數(shù)字是該分類中的蛋白數(shù)量。 3. topGO蛋白質(zhì)富集分析

百泰派克采用topGO對(duì)差異表達(dá)蛋白進(jìn)行富集分析，可以得到差異表達(dá)蛋白在GO節(jié)點(diǎn)中的富集顯著性。并對(duì)顯著富集的節(jié)點(diǎn)在GO體系中的層級(jí)關(guān)系以有向無環(huán)圖的形式進(jìn)行直觀展示。topGO有向無環(huán)圖能直觀展示差異表達(dá)基因富集的GO節(jié)點(diǎn)（Term）及其層級(jí)關(guān)系，是差異表達(dá)基因GO富集分析的結(jié)果圖形化展示，分支代表包含關(guān)系，從上至下所定義的功能描述范圍越來越具體。在有向無環(huán)圖中，箭頭代表包含關(guān)系，即該節(jié)點(diǎn)的所有基因同樣注釋到其上級(jí)節(jié)點(diǎn)中。

差異表達(dá)蛋白的topGO分子功能有向無環(huán)圖如下：

圖3 差異表達(dá)蛋白topGO富集有向無環(huán)圖（分子功能）

注：對(duì)每個(gè)GO節(jié)點(diǎn)進(jìn)行富集，在圖中用方框表示顯著度高的10個(gè)節(jié)點(diǎn)，圖中還包含其各層對(duì)應(yīng)關(guān)系。每個(gè)方框（或橢圓）內(nèi)給出了該GO節(jié)點(diǎn)的內(nèi)容描述和富集顯著性值。不同顏色代表不同的富集顯著性，顏色越深，顯著性越高。

百泰派克生物科技特色項(xiàng)目

一、蛋白測序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos質(zhì)譜儀及島津公司埃德曼降解測序系統(tǒng)對(duì)蛋白質(zhì)序列進(jìn)行分析，提供基于質(zhì)譜的蛋白測序分析服務(wù)，包括對(duì)蛋白質(zhì)的氨基酸組成分析，N端測序，C端測序和全序列分析，以及基于埃德曼降解的蛋白質(zhì)N端序列分析服務(wù)。對(duì)于未知理論序列的蛋白質(zhì)，提供基于從頭測序法的蛋白質(zhì)從頭測序服務(wù)，對(duì)蛋白序列進(jìn)行分析。

※服務(wù)優(yōu)勢：

1.采用目前世界上優(yōu)良的質(zhì)譜儀器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可實(shí)現(xiàn)對(duì)所測定靶蛋白序列 100% 的覆蓋;

3.可測定蛋白N端多達(dá) 70個(gè)氨基酸序列;

4.可測定多種形式的樣品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白條帶;

5.樣品用量低: 蛋白樣品僅需 5-10ug，即可完成檢測;

6.測序不受N端封閉，PEC和和糖基化等N端修飾的影響。

二、蛋白質(zhì)組學(xué)

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos質(zhì)譜平臺(tái)結(jié)合Nano-LC，提供定量蛋白質(zhì)組學(xué)、靶向蛋白質(zhì)組學(xué)、多肽組學(xué)、翻譯后修飾蛋白組學(xué)等多種蛋白質(zhì)組學(xué)分析服務(wù)。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白質(zhì)組學(xué)服務(wù)，助力微量樣本蛋白組學(xué)、大樣本群醫(yī)學(xué)及高通量修飾組學(xué)等研究工作。

※服務(wù)優(yōu)勢：

1 .高通量定量蛋白分析:多對(duì)照組大規(guī)模實(shí)驗(yàn)分析，發(fā)現(xiàn)新的生物標(biāo)記物;

2.體內(nèi)體外多種蛋白質(zhì)標(biāo)記方法，適用于分析組織、細(xì)胞、血液等多種樣品;

3.質(zhì)譜分析靈敏度高，實(shí)驗(yàn)結(jié)果重復(fù)度高;

4.可檢測較低豐度蛋白，線性范圍廣;

5.zhuānyè生物信息學(xué)分析，分析更系統(tǒng)準(zhǔn)確。

三、單細(xì)胞質(zhì)譜流式技術(shù)分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm質(zhì)譜流式系統(tǒng)進(jìn)行單細(xì)胞質(zhì)譜流式技術(shù)分析，采用金屬元素標(biāo)記物（通常是金屬元素標(biāo)記的特異抗體）標(biāo)記細(xì)胞表面和內(nèi)部的分子，然后用流式細(xì)胞原理分離單個(gè)細(xì)胞，再用電感耦合等離子體質(zhì)譜（ICP-MS）分析單個(gè)細(xì)胞的原子質(zhì)量譜，zuì后將原子質(zhì)量譜數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換為細(xì)胞表面和內(nèi)部的信號(hào)分子表達(dá)量。

※服務(wù)優(yōu)勢：

1.技術(shù)優(yōu)良，*技術(shù)空白

采用金屬標(biāo)記抗體技術(shù)，避免了傳統(tǒng)流式熒光通道少且易相互影響的問題。可在單細(xì)胞層面上對(duì)多種指標(biāo)同時(shí)進(jìn)行表征，百泰派克生物科技可做到同時(shí)檢測51個(gè)目標(biāo)蛋白。

2.分析數(shù)量大，成本較低

單細(xì)胞RNAseq受成本等因素限制，所有樣本細(xì)胞匯總的分析數(shù)目一般在2x10^4個(gè)左右，而流式質(zhì)譜技術(shù)一次（單樣本）就可分析至少10^5的細(xì)胞，實(shí)現(xiàn)了數(shù)量級(jí)的提高，且成本不高于單細(xì)胞RNAseq。

3.應(yīng)用前景大

①流式質(zhì)譜結(jié)果可以給出細(xì)胞亞群的變化，在臨床診斷、疾病機(jī)制研究等方面具有極大的研究前景；

②將金屬標(biāo)簽技術(shù)與其他技術(shù)結(jié)合會(huì)有新應(yīng)用方向。除常規(guī)蛋白外，質(zhì)譜流式細(xì)胞技術(shù)還可用于蛋白翻譯后修飾；

③可檢測細(xì)胞存活率、細(xì)胞大小、mRNA轉(zhuǎn)錄子表達(dá)量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度質(zhì)譜的免疫多肽組學(xué)分析及新抗原發(fā)現(xiàn)

百泰派克生物科技的基于高精度質(zhì)譜的免疫多肽組學(xué)分析及新抗原發(fā)現(xiàn)一站式解決方案包括我們專有的、高度敏感的免疫肽富集和鑒定方案。我們能夠幫助您實(shí)現(xiàn)10,000個(gè)以上I型多肽和10,000個(gè)以上II型多肽的鑒定和識(shí)別。通過我們優(yōu)化的高通量免疫多肽組學(xué)分析平臺(tái)進(jìn)行免疫肽組學(xué)分析，可從zuì小的樣品材料中進(jìn)行可重復(fù)的識(shí)別和定量。該服務(wù)可以應(yīng)用于大規(guī)模的研究，旨在助力科研工作者尋找癌癥、免疫疾病及傳染病的解決方案，深入挖掘未知的靶標(biāo)。

五、生物藥物表征

百泰派克基于高分辨率質(zhì)譜技術(shù)，MALDI TOF，高效色譜分離技術(shù)，提供一系列完善的生物藥物分析方案，從蛋白質(zhì)、多肽、抗體、疫苗等生物制品的氨基酸組成和一級(jí)結(jié)構(gòu)分析，到產(chǎn)品變異性和純度分析。旨在提供優(yōu)質(zhì)生物藥物分析服務(wù)，幫助生物醫(yī)藥生產(chǎn)商提高生物藥物品質(zhì)。

百泰派克生物科技七大檢測平臺(tái)

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物質(zhì)譜多組學(xué)優(yōu)質(zhì)服務(wù)商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于為生物/制藥和醫(yī)療器械行業(yè)提供質(zhì)量控制檢測和項(xiàng)目驗(yàn)證等zhuānyè服務(wù)。公司實(shí)驗(yàn)室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法規(guī)和指導(dǎo)原則，通過CNAS/ISO9001雙重質(zhì)量體系認(rèn)證，建立了完備的質(zhì)量體系，數(shù)據(jù)冷熱/異地備份，設(shè)備定期計(jì)量/期間核查，軟件審計(jì)追蹤，為客戶提供一體化解決方案和技術(shù)服務(wù)，支持新藥研發(fā)、藥物申報(bào)注冊和生產(chǎn)放行。

1.公司采用ISO9001質(zhì)量控制體系，zhuānyè提供以質(zhì)譜為基礎(chǔ)的CRO檢測分析服務(wù)；

2.獲國家CNAS實(shí)驗(yàn)室認(rèn)可，為客戶提供符合全球藥政法規(guī)的藥物質(zhì)量研究服務(wù)；

3.業(yè)務(wù)范圍覆蓋蛋白質(zhì)組學(xué)、多肽組學(xué)、代謝組學(xué)、生物藥物表征、單細(xì)胞分析、單細(xì)胞質(zhì)譜流式、生信云分析以及多組學(xué)生物質(zhì)譜整合分析等；

4.七大質(zhì)量控制檢測平臺(tái)，滿足您一站式服務(wù)需求；

5.服務(wù)3000+企業(yè)，10000+客戶的選擇；

6.致力于為您提供優(yōu)質(zhì)的生物質(zhì)譜分析服務(wù)!

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