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單細(xì)胞測序

檢測樣品:基因

檢測項目:RNA

方案概述:提供完整的單細(xì)胞測序方案,包括單細(xì)胞懸液制備,單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序,單細(xì)胞基因組測序,單細(xì)胞ATAC表觀組測序,單細(xì)胞多組學(xué)測序,基礎(chǔ)生信分析,高級生信分析,也包括單細(xì)胞全長轉(zhuǎn)錄組測序。

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更新時間2025年06月14日

上傳企業(yè)斑馬魚(北京)科技有限公司

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對于多細(xì)胞生物來說,細(xì)胞與細(xì)胞之間是存在差異的。受精卵從一個細(xì)胞開始分裂到最終發(fā)育成成熟的個體,各種功能細(xì)胞之間的差異會越來越大,表達各自不同的基因,決定不同的生理功能。疾病的發(fā)生過程中,伴隨多種細(xì)胞的參與,不同細(xì)胞也會受到不同影響,如腫瘤的異質(zhì)性、原發(fā)灶、轉(zhuǎn)移灶、腫瘤微環(huán)境細(xì)胞等其基因表達有很大的差異,這些差異決定了腫瘤細(xì)胞對治療的反應(yīng)。

傳統(tǒng)的研究方法由于技術(shù)限制,是在多細(xì)胞水平進行的,獲得的基因表達信息是細(xì)胞群體的平均信號,丟失了細(xì)胞個體特異的基因表達信息。為了更加精細(xì)地研究基因表達于細(xì)胞功能的關(guān)系,單細(xì)胞水平進行檢測是更加準(zhǔn)確的方法,獲得的基因表達信息也更加直觀。單細(xì)胞測序的發(fā)展將基因表達于細(xì)胞功能的研究帶入了一個新的時代。


在單細(xì)胞測序出現(xiàn)之前,主要是Bulk RNA-seq,即測量一個大的細(xì)胞群體中每一個基因的平均表達水平,但對于基因表達的本質(zhì)研究不夠深入,很多基因表達的時空信息被掩蓋。scRNA-seq直到2014年后才降測序費用降低到可接受的水平,逐漸進入大家的視野。它測定的是細(xì)胞種群中每個細(xì)胞中的基因的表達量分布,對于研究特定細(xì)胞基因表達的變化意義重大。能同時測定的細(xì)胞數(shù)量從最初的幾十上百個到現(xiàn)在的成千上萬個,向著高通量的方向快速發(fā)展。將研究推升到一個更加精準(zhǔn)的方向。

單細(xì)胞測序可以解決的科學(xué)問題
1.研究對象中細(xì)胞一共分多少群?
2.每個群對應(yīng)哪種細(xì)胞?
3.如何定義新的細(xì)胞類群?
4.已知的某類細(xì)胞是否可分成幾個亞群?
5.每個細(xì)胞群/亞群的marker基因?
6.不同樣本(病人)間的細(xì)胞構(gòu)成有何差異?
7.細(xì)胞構(gòu)成和基因表達差異與表型的關(guān)系?


樣本的要求
1. 總量> 10*目標(biāo)細(xì)胞個數(shù)(最少10,000個細(xì)胞);
2. 濃度500-1,000個/uL;
3. 細(xì)胞間無粘連(成團率<5%);
4. 無大于40um的細(xì)胞碎片或其他顆粒物;
5. 細(xì)胞成活率應(yīng)大于80%(臺盼藍(lán)染色檢測);
6. 不存在逆轉(zhuǎn)錄抑制劑和非細(xì)胞的核酸分子。

 常規(guī)項目周期

45-50個工作日

分析內(nèi)容

單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析內(nèi)容
標(biāo)準(zhǔn)分析1. 數(shù)據(jù)預(yù)處理
1.1 基因組比對及基因表達定量
1.2 基因及樣本過濾
1.3 細(xì)胞周期效應(yīng)評估
2. 細(xì)胞聚類和可視化
2.1 louvain算法聚類
2.2 T-SNE、umap、Force-directed graph drawing可視化
高級分析3. 細(xì)胞類型注釋
3.1 細(xì)胞類型注釋及可視化
3.2 Marker基因heatmap
3.3 Marker基因小提琴圖
4. Marker基因分析
4.1 Logistic Regression算法
4.2 t-test_overestim算法
4.3 Wilcoxon算法
5. 多樣本比較分析
5.1 各樣本中的細(xì)胞類型分布比例統(tǒng)計
5.2 各樣本和Cluster中細(xì)胞數(shù)目統(tǒng)計
5.3 各樣本和Cluster中轉(zhuǎn)錄本表達豐度統(tǒng)計
5.4 各樣本和cluster中基因數(shù)目統(tǒng)計


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