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Z全面的人類表觀基因組圖譜
2015-2-26 閱讀(347)
,《自然》(Nature)雜志及其旗下相關(guān)的六大期刊同時(shí)在線發(fā)表24篇科技論文,發(fā)布涉及100多種人類細(xì)胞和組織的*張表觀基因組(Epigenome)綜合圖譜。
表觀基因組指的是附著在基因組上的化學(xué)標(biāo)記模式,其決定了哪些基因會(huì)被激活以及它們激活的方式及時(shí)間。由于表觀基因組調(diào)控了人體的正常發(fā)育,*表觀遺傳調(diào)控失常與從癌癥、自閉癥到心臟病等廣泛的疾病相關(guān)聯(lián),這一巨大的數(shù)據(jù)寶庫(kù)預(yù)計(jì)將提供有關(guān)人類健康和疾病生物學(xué)大量新見解(延伸閱讀:4篇Nature文章公布重大成果:三大物種表觀基因組圖譜 )。
這24篇論文是表觀基因組學(xué)路線圖計(jì)劃(Roadmap Epigenomics Program,REP)幾百名參與者數(shù)年研究工作的頂點(diǎn)成果,這一計(jì)劃是在2006年由一些學(xué)術(shù)科學(xué)家以及美國(guó)國(guó)立衛(wèi)生研究院的核心成員提出。所有成果均可在Nature的表觀基因組路線圖上免費(fèi)獲取。
為REP提供數(shù)據(jù)的有NIH四大路線圖表觀基因組繪圖中心(REMC),加州大學(xué)舊金山分校的Joseph F. Coslo博士是其中一家機(jī)構(gòu)的主任。Coslo說(shuō):“在機(jī)體的所有細(xì)胞中人類基因組的DNA序列都是相同的,而一些細(xì)胞類型例如心臟細(xì)胞、腦細(xì)胞或皮膚細(xì)胞則具有*的特征,特別容易受到各種疾病的影響。通過(guò)操控基因表達(dá),表觀基因組使得攜帶相同DNA的細(xì)胞能夠分化為人體中200多種細(xì)胞類型。"
Coslo說(shuō),在癌癥研究中新數(shù)據(jù)將加速融合已有的基因組及表觀基因組觀點(diǎn)。有一些癌癥研究人員從事基因組研究,揭示突變、刪除等等的作用。另一些則研究表觀基因組。他們幾乎是在平行軌道上從事研究工作,彼此卻沒(méi)有很多的交流。過(guò)去的五六年里研究者們?cè)谥匦聦徱曔@類討論,因?yàn)榘┌Y中zui頻發(fā)的突變影響了一些表觀基因組調(diào)控因子。因此基因組中的一些突變是通過(guò)表觀遺傳學(xué)機(jī)制來(lái)發(fā)揮作用,現(xiàn)在一些大型制藥公司將表觀基因組視作是一個(gè)重要的靶標(biāo)。
新研究報(bào)告了來(lái)自十多家實(shí)驗(yàn)室和REMCs四大中心的,111種不同類型細(xì)胞和組織表觀基因組的數(shù)據(jù)。作者們寫道:“這一迄今為止zui全面的人類表觀基因組景觀圖譜,不僅對(duì)于正常人類生物學(xué)具有重要的意義,我們的數(shù)據(jù)集對(duì)于人類疾病的研究也將具有極大的價(jià)值,例如有數(shù)篇姊妹文章探討了自身免疫疾病、阿爾茨海默氏癥和癌癥的背景。"
在這一系列的研究論文中,有4篇Nature文章討論了發(fā)育過(guò)程中可能定義了不同細(xì)胞類型的數(shù)組轉(zhuǎn)錄因子。Ziller等通過(guò)用胚胎干(ES)細(xì)胞生成6種神經(jīng)祖細(xì)胞譜系,在體外模擬了神經(jīng)元發(fā)育。他們開發(fā)出了一些計(jì)算模型預(yù)測(cè)出了與神經(jīng)分化核心增強(qiáng)子以及一些*神經(jīng)譜系增強(qiáng)子結(jié)合的轉(zhuǎn)錄因子。Tsankov等研究了由ES細(xì)胞分化的zui早三個(gè)細(xì)胞譜系中與啟動(dòng)子和增強(qiáng)子結(jié)合的數(shù)組轉(zhuǎn)錄因子。
一些Nature文章演示了如何利用表觀基因組圖譜來(lái)研究人類生物學(xué)。Gjoneska等利用一種小鼠神經(jīng)退行性變模型模擬了阿爾茨海默氏癥。Farh等開發(fā)出了一種算法,確定了自身免疫性疾病的一些潛在非蛋白質(zhì)編碼遺傳變異。Polak等則在多種癌癥中調(diào)查了一些癌癥相關(guān)遺傳突變的分布,并將它們與一些細(xì)胞類型特異性表觀基因組特征起來(lái)。
另有一些Nature論文探討了組蛋白修飾,提供了發(fā)育過(guò)程中及成人期組蛋白標(biāo)記、長(zhǎng)距離的染色質(zhì)互作與基因表達(dá)之間關(guān)系的一些新見解。