耐甲氧西林金黃色葡萄球菌（MRSA）也被稱作“超級細菌”，是醫(yī)院感染的主要致病菌之一。近日，來自英國、澳大利亞和泰國的研究人員利用基因組測序，成功理清了MRSA的復(fù)雜傳播模式。這項成果于12月9日在線發(fā)表于《Genome Research》上。
Wellcome Trust Sanger研究院等機構(gòu)的研究人員利用基因組測序評估了76個樣本，這些樣本來自泰國東北部一家醫(yī)院的無癥狀患者和員工，他們被確定為MRSA攜帶者。MRSA序列的系統(tǒng)發(fā)育分析表明，同一序列類型的至少五個分支在成人和兒科病房中同時傳播，而了解這些分離株為病原體的遺傳多樣性以及在個體之間的運動提供了線索。
過去，對于那些積極篩查或已采取感染控制措施的醫(yī)院，研究人員借助全基因組測序來了解MRSA的關(guān)系和傳播模式。然而，對于那些無法獲得足夠的財政資源或感染控制資源的醫(yī)院，即MRSA傳播很普遍的環(huán)境，人們還不太清楚細菌如何傳播。
文章的通訊作者，Sanger研究院的Sharon Peacock指出：“了解MRSA如何在這些環(huán)境中傳播很重要，它不僅突出了問題，也為干預(yù)這種病原體指明了方向。這項研究是為了確定這些醫(yī)院中MRSA的系統(tǒng)發(fā)育和傳播動力學(xué)。”
在2008年的三個月中，研究人員從重癥監(jiān)護室的169名成人患者、兒科ICU的98名兒童以及兩個病房的30多名護士中收集了鼻拭子和指尖培養(yǎng)物樣本。16%的ICU患者和1/3的兒童患者被檢測出MRSA陽性。此外，ICU的1名護士和兒科ICU的4名護士呈MRSA陽性。
之后，研究小組對這46名患者和5名員工的76個MRSA分離株進行基因組測序。它們都屬于金黃色葡萄球菌ST 239序列類型，不能通過基因分型分析準(zhǔn)確區(qū)分。將產(chǎn)生的序列與ST 239參考基因組比對之后，研究人員鑒定出超過1,500個SNP，隨后用于系統(tǒng)發(fā)育樹的建立。
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通過查看這些變異聚集的方式，研究人員確定了至少五個MRSA分支，包括在醫(yī)院內(nèi)傳播的67個分離株。三個分支的分離株主要在成人ICU的患者和員工上檢測到，而另外兩個則通常出現(xiàn)在兒科病房。不過，每個病房中仍有一名員工不能*歸到這五個分支，但與2006或2007年鑒定出的分離株類似，暗示她們可能在其他醫(yī)療保健機構(gòu)染上MRSA。
利用基因組序列，研究小組追蹤了病房內(nèi)以及病房之間的傳播模式，以及分離株存在的遺傳多樣性。后者包括是否存在質(zhì)粒，包含與抗生素和/或抗菌素耐藥性相關(guān)的基因
“序列數(shù)據(jù)帶來的驚人結(jié)果是存在多個不同的分支，這表明一些不同的MRSA變異體同時在醫(yī)院中傳播，”Peacock談道。“我們還確認了患者進入ICU之后的傳播事件，并在每個病房中發(fā)現(xiàn)一位‘超級傳播者’。