自動化的微流控芯片系統(tǒng)在單細胞中檢測MicroRNA的異質(zhì)性

單細胞自動制備系統(tǒng)使用Life Technologies 開發(fā)的試劑和實驗方法（“Single-cell MicroRNA expression analysis”），對單細胞中的miRNA轉(zhuǎn)錄本進行目標特異性擴增（STA）。從將細胞懸液加至C1芯片到完成數(shù)據(jù)分析的整個流程，可以在不到24小時內(nèi)完成。

單細胞懸液（200-1000個細胞）被加入C1 IFC芯片的細胞進樣孔。使用來自Single Cell-to-Ct™試劑盒（Life Technologies）的裂解和預(yù)擴增試劑，以及來自TaqMan® MicroRNA Reverse Transcription 試劑盒（Life Technologies）的逆轉(zhuǎn)錄試劑，進行逆轉(zhuǎn)錄（使用Megaplex™ RT pool）和預(yù)擴增（使用Megaplex™ PreAmp pool），以便可以檢測每個單細胞中多達380種miRNA的表達。C1 IFC捕獲單細胞，然后沖洗，裂解，在反應(yīng)倉平行對每個單細胞的miRNA進行逆轉(zhuǎn)錄和預(yù)擴增。96個預(yù)擴增過的樣本然后被導(dǎo)出，使用Biomark HD系統(tǒng)在一塊96.96動態(tài)芯片運行，研究每個樣本中多達96種miRNA的表達。
 對從iPS，NPC和成熟神經(jīng)元（HN）獲得的數(shù)據(jù)進行非監(jiān)督式聚類分析，可以清楚的將HN細胞從iPS和NPC細胞區(qū)分開，同時也揭示了每類細胞中存在的亞群。miR-9更頻繁且更高水平的在成熟神經(jīng)元（HN）中表達。

對從iPS，NPC和成熟神經(jīng)元（HN）獲得的數(shù)據(jù)進行非監(jiān)督式聚類分析，可以清楚的將HN細胞從iPS和NPC細胞區(qū)分開，同時也揭示了每類細胞中存在的亞群。miR-9更頻繁且更高水平的在成熟神經(jīng)元（HN）中表達。

 C1 miRNA STA實驗方案使用了Life Technologies為miRNA優(yōu)化過的試劑。特別的，Megaplex™ RT及PreAmp pool可以從C1 IFC上每個單細胞獲得多達380種不同miRNA的cDNA。使用Biomark系統(tǒng)，在96.96 GE動態(tài)芯片可以讀出表達類型。 對來自不同類型細胞的數(shù)據(jù)進行非監(jiān)督式聚類分析及PCA分析，揭示了不同類型細胞之間、或者同一類型細胞中miRNA表達類型的差異