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干貨分享|熱啟動(dòng)酶耐熱機(jī)制全面解析
常規(guī)PCR技術(shù)因能夠快速擴(kuò)增任何已知的DNA///片段而被廣泛應(yīng)用于分子生物學(xué)的各個(gè)領(lǐng)域。但常規(guī)型PCR技術(shù)容易出現(xiàn)引物二聚體或錯(cuò)配引起的非特異性擴(kuò)增等現(xiàn)象,造成實(shí)驗(yàn)結(jié)果的不準(zhǔn)確性。熱啟動(dòng)型PCR能夠很好的解決上述問題,是常用的提高PCR特異性的方法。
熱啟動(dòng)酶介紹
熱啟動(dòng)酶(Hot start enzyme)主要利用酶的修飾物在常溫下抑制DNA聚合酶的活性,加熱至變性溫度時(shí)修飾物失活,釋放酶活,從而使PCR反應(yīng)得以正常進(jìn)行。目前市面上常用的DNA聚合酶熱啟動(dòng)修飾方法主要有化學(xué)修飾、配體修飾和抗體修飾等,不同的熱啟動(dòng)修飾方法原理上有所區(qū)別,各有優(yōu)劣勢(shì)。
化學(xué)法
DNA聚合酶的化學(xué)法修飾,一般采用化學(xué)小分子如酸酐等有機(jī)物與聚合酶上的側(cè)鏈氨基酸(賴氨酸)通過化學(xué)反應(yīng)相互作用,使酶低溫時(shí)失去酶活,溫度升高后,酸酐與氨基之間的化學(xué)鍵斷裂,酶活釋放,從而達(dá)到熱啟動(dòng)效果。化學(xué)修飾可有效封閉酶的活性,操作簡單,但酶活性釋放速度較慢,依賴溫度激活DNA聚合酶,能有效抑制非特異性產(chǎn)物,可在室溫下配置反應(yīng)體系,且對(duì)PCR反應(yīng)buffer要求較高。
圖1:化學(xué)法修飾熱啟動(dòng)酶原理圖
配體法
配體法修飾,主要借助核酸適配體封閉酶活。顧名思義,核酸適配體一般指一類具有特異性識(shí)別功能的單鏈核酸分子,可以是RNA也可以是DNA,長度一般為25~60個(gè)核苷酸。作為一種寡核甘酸序列的識(shí)別分子,作用的靶分子范圍廣泛,從無機(jī)金屬的小分子到生物領(lǐng)域的大分子。這些適配子可以形成特定的空間構(gòu)象,從而在表觀功能上與抗體類似。對(duì)蛋白質(zhì)或其他小分子物質(zhì)具有高度特異性、親和力。核酸適配體通過非共價(jià)鍵與DNA聚合酶結(jié)合,進(jìn)而抑制聚合酶在非許可溫度下的聚合反應(yīng)。一般核酸適配體的篩選所需周期較短,整個(gè)過程能夠依賴自動(dòng)化,簡便快捷。
圖2:配體法修飾熱啟動(dòng)酶原理圖
抗體法
抗體法熱啟動(dòng)酶一般考慮使用DNA聚合酶抗體封閉酶活性,使其在低溫時(shí)處于無活性狀態(tài),在加熱至變性溫度時(shí)抗體變性,解除封閉從而釋放活性,可以大大避免錯(cuò)配或引物二聚體引起的非特異性擴(kuò)增。另一方面針對(duì)低豐度基因,封閉抗體在避免預(yù)變性前的DNA聚合酶和模板的非特異性結(jié)合的同時(shí),增加了引物與微量的正確模板碰撞退火的效率,從而保證低豐度基因的有效檢出,大大提升反應(yīng)靈敏度和擴(kuò)增效率。
圖3:抗體法修飾熱啟動(dòng)酶原理圖
表1:熱啟動(dòng)酶常見修飾方法優(yōu)劣勢(shì)比較
酶活封閉類型 | 化學(xué)修飾 | 配體修飾 | 抗體修飾 |
原理 | 化學(xué)小分子和DNA聚合酶活性中心結(jié)合封閉酶活 | 核酸適配體通過非共價(jià)鍵作用與聚合酶結(jié)合封閉酶活 | DNA聚合酶抗體與聚合酶結(jié)合封閉酶活 |
酶活釋放條件 | 溫度:大于95 ℃ 時(shí)間:10-15 min | 溫度:大于60 ℃ 時(shí)間:1-5 min | 溫度:大于70 ℃ 時(shí)間:30 s-5 min |
優(yōu)點(diǎn) | 酶活性維持更加穩(wěn)定且無任何外源DNA污染,性價(jià)比較高。 | 不需要激活步驟,穩(wěn)定性高,減少樣品降解的可能性。 | 酶激活時(shí)間短,保證酶活,親和力強(qiáng),靈敏度高。 |
缺點(diǎn) | 酶激活時(shí)間較長可能會(huì)影響酶的活性,導(dǎo)致PCR產(chǎn)物的產(chǎn)量降低。 | 核酸配體是一種可逆抑制劑,不如化學(xué)修飾法穩(wěn)定,特異不夠強(qiáng)。 | 抗體修飾是一種動(dòng)態(tài)平衡,抗體生產(chǎn)成本高,試劑配比優(yōu)化時(shí)間長。 |
以上簡單介紹了熱啟動(dòng)酶的常見類別和各種熱啟動(dòng)方法的優(yōu)劣勢(shì),其中化學(xué)修飾物不能夠批量合成,而且需要較長的激活時(shí)間聚合酶才能釋放酶活。配體修飾DNA聚合酶只在20-25°C效果較好,到40°C時(shí),聚合酶的活性就被釋放出來,特異性不好;而抗體法修飾熱啟動(dòng)酶對(duì)應(yīng)的封閉效果佳,酶活釋放速度快,從而大大降低PCR反應(yīng)時(shí)間,是目前IVD市場(chǎng)上應(yīng)用較多的一種熱啟動(dòng)酶改造方法。
熱啟動(dòng)酶應(yīng)用
熱啟動(dòng)酶在熱啟動(dòng)PCR的應(yīng)用方面較為廣泛,不僅有效防止非特異性PCR產(chǎn)物,而且在較難擴(kuò)增的PCR反應(yīng)如單拷貝基因的擴(kuò)增、多重PCR和超長片段的擴(kuò)增等應(yīng)用尤為突出,大大改觀了傳統(tǒng)PCR技術(shù)的局限性。在病原微生物檢測(cè)、遺傳病診斷和法醫(yī)鑒定等各個(gè)領(lǐng)域等實(shí)際應(yīng)用中頗為廣泛。在應(yīng)對(duì)爆發(fā)的新guan疫情方面,熱啟動(dòng)酶亦貢獻(xiàn)頗多。目前市面上應(yīng)用于SARS-Cov-2的一步法RT-qPCR檢測(cè)試劑的核心酶基本都是抗體法熱啟動(dòng)酶。
相關(guān)產(chǎn)品
類型 | 名稱 | 貨號(hào) | 規(guī)格 | 價(jià)格(元) | 優(yōu)惠價(jià)(元) |
抗體法熱啟動(dòng)酶 | Hieff Unicon® Hotstart J-Taq DNA polymerase | 13086ES60/76/90 | 100 U/500 U/ 5000 U | 詢價(jià) | |
Hieff Unicon® Hotstart D-Taq DNA Polymerase | 10715ES01/03/25/60 | 100µl/1mL/25mL/ 100mL | 1652/13252/127852/887652 | / | |
封閉抗體 | Hieff® anti-Taq DNA Polymerase Antibody Taq酶單克隆抗體 | 31301ES60/80/90/92/93/94 | 100 µg/1/5/10/100/1000 mg | 1153/3653/14653/26353/231753/1969552 | / |
Hieff® anti-exonuclease of Taq Antibody Taq酶5'→3'外切酶單克隆抗體 | 31302ES60/80/90/92/93/94 | 100 µg/1/5/10/100/1000 mg | 1153/3653/14653/26353/231753/1969552 | / |
參考文獻(xiàn)
【1】Michael R. Green, Joseph Sambrook. Hot Start Polymerase Chain Reaction (PCR)[J]. 2018, 2018(5):pdb.prot095125.
【2】Kermekchiev, M. B . Cold-sensitive mutants of Taq DNA polymerase provide a hot start for PCR[J]. Nucleic Acids Research, 2003, 31(21):6139-6147.
【3】Chou Q , Russell M , Birch D E , et al. Prevention of pre-PCR mis-priming and primer dimerization improves low-copy-number amplifications[J]. Nucleic Acids Research, 1992, 20(7):1717-1723.
【4】劉峰濤,柴立輝,馬遠(yuǎn)方.DNA聚合酶適配子6-10提高定量PCR的特異性[J].臨床檢驗(yàn)雜志,2009,27(03):164-166.