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DNA-蛋白質互作研究解決方案（上）
研究DNA與蛋白質互作時，通常需要有目標DNA或者目標蛋白質。如果研究時，只有處理材料，需要找尋處理材料中影響材料表型變化的調控因子，可以進行ATAC-seq實驗。
圖.100-10w細胞投入量ATAC結果
細胞投入量從100個到10萬個，均能得到建庫結果，且結果的擬合度較高。
產(chǎn)品名稱 | 貨號 | 規(guī)格 |
Hieff NGS® ATAC-Seq Library Prep Kit for Illumina® ATAC建庫試劑盒 | 12208ES12/48 | 12 T/ 48 T |
Hieff NGS® Tagment Index Kit for Illumina® Tn5測序接頭 | 12416ES24/96 | 48 T/ 192 T |
已知材料中研究蛋白質，需要探究該目的蛋白質靶向的DNA結合區(qū)域，可以使用ChIP-seq、CUT&Tag、DAP-seq、CUT&RUN進行研究得到結合的DNA序列后，再利用EMSA、雙熒光素酶報告基因、酵母單雜交實驗、DNase I足跡試驗等。若是研究時，發(fā)現(xiàn)可能出現(xiàn)共調控的區(qū)域，還需要進行CoIP或者GST pull down實驗進行驗證。
ChIP-seq、CUT&Tag、DAP-seq、CUT&RUN介紹
ChIP
ChIP是研究DNA與蛋白互作的傳統(tǒng)經(jīng)典方法，需要將樣本進行甲醛交聯(lián)后再用超聲設備進行片段化處理，之后利用特異性抗體進行靶向富集，將富集得到的DNA進行建庫測序分析即得到靶向蛋白質互作的DNA信息。
CUT&Tag是研究DNA與蛋白互作的新型技術，利用轉座酶對抗體靶向區(qū)域進行切割，將切割得到的DNA序列可以一步擴增得到DNA文庫。相對于ChIP-seq實驗，CUT&tag具有可重復性強、背景噪音低、起始量要求低等優(yōu)點。
Multi-CUT&Tag是利用新興的納米抗體偶聯(lián)Tn5（Nanobody-Tn5），利用納米抗體識別一抗，使得Tn5被納米抗體靶向到特定位置發(fā)揮靶向切割，將切割得到的DNA序列進一步擴增得到DNA文庫。相對于傳統(tǒng)CUT&Tag技術，Multi-CUT&Tag可以實現(xiàn)一份樣本，同時研究兩種靶標，節(jié)約樣本和時間，實驗無需二抗，減少實驗流程。
CUT&RUN是研究DNA與蛋白質互作的新型技術，利用Mnase酶對染色質開放區(qū)域進行切割，之后將切割得到的DNA進行建庫以獲得靶向蛋白質互作的DNA信息。
DAP-seq是研究DNA與蛋白互作的技術，它屬于體外ChIP-seq，主要針對一些非模式物種構建轉基因體系或者過表達實驗不容易操作的樣本，本實驗的優(yōu)點是無需購買抗體即可實驗。
CUT&Tag | Multi-CUT&Tag | ChIP-seq | CUT&RUN | DAP-seq |
胞內反應 | 胞內反應 | *胞內反應 | 胞內反應 | 胞外反應 |
收集細胞，無需特殊處理 | 收集細胞，無需特殊處理 | 甲醛交聯(lián) | 收集細胞，無需特殊處理 | 提取樣本DNA進行片段化和接頭連接 |
ConA磁珠與細胞孵育 | ConA磁珠與細胞孵育 | 細胞破碎裂解，超聲打斷gDNA | ConA磁珠與細胞孵育 | |
一抗二抗結合目的蛋白 | 兩種抗體同時孵育并靶向（無需二抗） | 一抗結合目的蛋白 | 一抗二抗結合目的蛋白 | 麥胚乳蛋白表達系統(tǒng)表達蛋白并在在體外與DNA進行共孵育 |
轉座酶復合體結合二抗，激活反應 | 轉座酶結合、激活反應 | 免疫沉淀 | MNase酶復合體結合二抗，激活反應 | |
磁珠回收DNA片段 | 磁珠回收DNA片段 | 洗脫，解交聯(lián)，獲得DNA片段 | 純化獲得DNA片段 | 洗脫并純化獲得DNA片段 |
一步法PCR擴增文庫 | 一步法PCR擴增文庫 | 多步反應：修復加A，加接頭，PCR擴增 | 多步反應：修復加A，加接頭，PCR擴增 | 多步反應：修復加A，加接頭，PCR擴增 |
產(chǎn)物純化，上機測序 | 產(chǎn)物純化，上機測序 | 產(chǎn)物純化，上機測序 | 產(chǎn)物純化，上機測序 | 產(chǎn)物純化，上機測序 |
總時長：7.5 hour | 總時長：6 hour | 總時長：3-5 Day | 總時長：1-2 Day | 總時長：1-2 Day |
圖.不同組蛋白修飾的CUT&Tag及Multi-CUT&Tag實驗結果
Multi-CUT&Tag可以實現(xiàn)一份樣本，兩種不同組蛋白修飾的研究。組蛋白修飾同時研究的數(shù)據(jù)拆分后的結果與常規(guī)單靶標研究結果一致。
產(chǎn)品名稱 | 貨號 | 規(guī)格 |
Hieff NGS® G-Type In-Situ DNA Binding Profiling Library Prep Kit for Illumina® | 12598ES12/48 | 12 T/ 48 T |
Hieff NGS® Multi-CUT&Tag Library Prep Kit for Illumina®Multi-CUT&Tag試劑盒（Nanobody-Tn5款） | 12592ES12/48 | 12 T/ 48 T |
Hieff NGS® Tagment Index Kit for Illumina® Tn5測序接頭 | 12416ES24/96 | 48 T/ 192 T |
Hieff NGS® OnePot Pro DNA Library Prep Kit V2 | 12195ES24/96 | 24 T/ 96 T |
Hieff NGS® 384 CDI Primer for Illumina® | 12413ES02 | 96×2T |
欲知后續(xù)內容，請待下周揭曉……
