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核酸提取瓶頸不再:直擴PCR技術,高效鎖定目標基因

2024-3-15  閱讀(325)

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在科研工作中,大家或許都有過類似經(jīng)歷:面對一批實驗小鼠,必須依次對其實施解剖,精細分離各種組織器官,繼而提取DNA并經(jīng)過純化程序,再進行PCR擴增,直至完成電泳檢測分析。如此復雜的流程常常耗時超過一天,而這一切努力的目標僅僅是確認小鼠DNA中是否包含特定目標基因。其中,DNA提取和純化步驟堪稱冗長繁雜?,F(xiàn)在有一個問題值得探究:是否有捷徑可以繞過這些步驟,直接檢驗目標基因呢?這里,小翌為您推薦一項創(chuàng)新的PCR技術——直擴PCR,它能有效地幫助您應對這一挑戰(zhàn),簡化實驗過程。

 


直接PCR(Direct PCR)是一種特殊的聚合酶鏈反應(PCR)技術,無需經(jīng)過核酸提取純化步驟,即可運用植物、動物組織、血液等未經(jīng)處理的原始樣本進行PCR擴增。相較于依賴嚴格純化核酸的傳統(tǒng)PCR方法,直接PCR摒棄了耗時的提取階段,極大程度地簡化實驗流程,縮短實驗時間,加快實驗進度,并減小了在提取過程中可能引入的污染風險。其核心技術特征在于采用了對樣本內(nèi)抑制物質(zhì)具有 抵抗性的聚合酶,確保即使在未經(jīng)純化的樣本環(huán)境中,模板DNA也能成功釋放并在PCR反應體系中有效擴增,從而為DNA擴增提供了 的簡易途徑。

 

圖1. 直擴PCR與傳統(tǒng)PCR技術比對圖

 

翌圣生物研發(fā)的直擴PCR系列具有優(yōu)秀的耐受抑制組分,有針對如動物、植物組織等不同樣本的PCR產(chǎn)品,無需核酸提取純化,助力快速檢測。從樣本開始,以未經(jīng)基因組純化的微量原始樣本(圖1-A)或其裂解產(chǎn)物(圖1-B)作為模板,進行PCR-based Genotyping(見圖1)。與常規(guī)PCR-based Genotyping相比,直接PCR試劑盒樣本用量少,操作簡單,實驗成本低,可高通量化樣本檢測。

 

圖2. 直擴PCR擴增流程圖

 

A. 直接法:取少量樣本直接加入到PCR Master Mix中,進行PCR鑒定;

B. 裂解法:樣本取樣后,加入裂解液中,裂解釋放基因組,取少量裂解上清液加入到PCR Master Mix中,進行PCR鑒定。

 

 

明星產(chǎn)品推薦

 
 
植物直擴PCR(10187ES)
 
 

適用樣本:水稻、大豆、玉米、擬南芥等植物的葉片、種子

產(chǎn)品優(yōu)勢:裂解時間僅需0-10 min

 

  • 不同類型植物葉片擴增效率高

 

圖3. 使用Plant Tissue PCR Kit (With Dye)擴增不同類型植物葉片結果。M:100 bp DNA ladder。C:相應植物純化基因組DNA為模板。1-2:葉片組織裂解產(chǎn)物為模板。循環(huán)數(shù):30個循環(huán)。

 

 
血液直擴PCR(10188ES)
 
 

適用樣本:含EDTA、肝素、檸檬酸鹽等常規(guī)抗凝劑的新鮮血液、冷藏(凍)血液及Whatman903®和FTA®商用干 

產(chǎn)品優(yōu)勢:擴增速度快,僅需3-10 sec/kb

 

  • 擴增長度高達8 kb

 

圖4. 使用Blood Advanced Direct PCR Kit直接從人全血中擴增不同長度DNA片段。血樣為-20℃儲存的EDTA抗凝血,血液模板濃度為10%,延伸時間設置10 sec/kb。M為10510ES60(Yeasen)。

 

  • 耐受性強

 

圖5 A. 使用Blood Advanced Direct PCR Kit直接從人EDTA抗凝全血中擴增2 kb長度、GC含量71%的DNA片段。血液模板濃度設置梯度0.5-50%,延伸時間為10 sec/kb。B. 使用Blood Advanced Direct PCR Kit直接從小鼠EDTA抗凝全血中擴增2.2 kb長度、GC含量67%的DNA片段。血液模板濃度設置0.5-50%,延伸時間為10 sec/kb。M為10510ES60(Yeasen)。

 

 
小鼠直擴PCR(10189ES)
 
 

適用樣本:小鼠組織(如鼠尾、鼠耳、鼠趾等)

產(chǎn)品優(yōu)勢:對樣本投入量要求低,僅需5 mg小鼠組織或1-5 mm鼠尾

 

  • 廣泛的模板兼容性

 

 

圖6. 使用Mouse Tissue Direct PCR Kit Plus直接裂解(70℃裂解10 min)擴增人293細胞、唾液、頭皮組織,均有明顯的目的條帶,Marker: 10510ES60 (Yeasen).

 

  • 擴增速度及產(chǎn)量對比

 

1. 質(zhì)粒 10189 1 kb        11. 質(zhì)粒 10189 2 kb

2. T品牌 鼠耳 1 kb        12. T品牌鼠尾 2 kb

3. T品牌鼠尾 1 kb         13. T品牌鼠耳 2 kb

4. T品牌鼠趾 1 kb         14. T品牌鼠趾 2 kb

5-6. 10189 鼠耳 1 kb       15-16. 10189 鼠耳 2 kb

7-8. 10189 鼠尾 1 kb       17-18. 10189 鼠尾 2 kb

9-10. 10189 鼠趾 1 kb      19-20. 10189 鼠趾 2 kb

 

圖7. 使用Mouse Tissue Direct PCR Kit Plus和T品牌產(chǎn)品裂解不同組織擴增不同大小的目的片段,10189ES延伸速率為5 sec/kb,T品牌延伸速率60 sec/kb。(70℃裂解10 min)

結論:Mouse Tissue Direct PCR Kit Plus對不同組織裂解產(chǎn)物進行不同大小的目的片段擴增,在快速擴增的同時,均可達到產(chǎn)品定位的擴增效果,尤其是2 kb的擴增效果優(yōu)于競品。

 

 

 

產(chǎn)品推薦

 

產(chǎn)品定位

產(chǎn)品名稱

產(chǎn)品貨號

規(guī)格

低投入量小鼠組織直擴PCR

Mouse Tissue Direct PCR Kit Plus

10189ES50/70

50 T/200 T

小鼠組織直擴PCR

Mouse Tissue Direct PCR Kit(With Dye) 小鼠組織直接PCR試劑盒

10185ES50/70

50 T/200 T

植物組織直擴PCR

Plant Tissue PCR Kit (With Dye)植物組織直接PCR試劑盒

10187ES50/70

50 T/200 T

血液直擴PCR,耐受不同抗凝劑

Blood Advanced Direct PCR Kit

10188ES50/70

50 T/200 T

增加PCR反應的靈敏度和特異性

PCR Enhancer PCR增強劑

10117ES03

1 mL



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