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免疫共沉淀實驗·基礎篇

閱讀:1809      發(fā)布時間:2022-12-29
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What is Co-IP?

Co-IP全稱Co-Immunoprecipitation,中文學名免疫共沉淀,是一種以抗體和抗原識別專一性為基礎,用于研究蛋白質(zhì)之間相互作用的經(jīng)典方法。

通俗點來說,假設我們需要研究樣品中A蛋白和B蛋白之間是否存在一些相互作用,首先我們通過合適的方法處理樣本,將蛋白提取出來(同時不能破壞蛋白之間的相互作用),然后用預先結(jié)合了瓊脂糖珠或者磁珠的A蛋白抗體捕獲樣本中的A蛋白,那么與A蛋白結(jié)合的B蛋白也能一起沉淀下來。再將蛋白從珠子上裂解下來,對B蛋白進行檢測,能檢測到,說明B蛋白在之前的沉淀過程中隨著A蛋白一起被拉下來了,進而證明二者之間存在相互關系。


How to do?

實驗流程

 

A few tips:

※ 如何理解文獻中的結(jié)果?

 

各名稱解析:

IB:全稱immunoblotting,即免疫印跡,也就是常規(guī)的Western Blotting,用于顯示目的蛋白。

IP:全稱immunoprecipitation,即免疫沉淀,這一步主要是為了純化富集目的蛋白。

Input:全細胞裂解液,含有細胞內(nèi)所有的蛋白,可認為是陽性組。也就是處理完樣本得到的細胞裂解液,在做IP實驗之前,需要先跑WB,確認樣本中含有蛋白A和蛋白B。

Anti-A:A蛋白的免疫共沉淀抗體

IgG:Anti-A的同型對照抗體,即跟Anti-A同來源同種型,如Anti-A是兔來源IgG型,則同型對照抗體需要選擇Rabbit IgG(abs20035)

結(jié)果圖解析

該結(jié)果是為驗證蛋白A與蛋白B是否存在相互作用。本實驗一共分為兩大組:Input組及IP組,其中IP組又分為IgG組(陰性對照組)和實驗組,并通過WB去驗證蛋白A和B在每一個組里面是否存在。由Input組的條帶可以得到結(jié)論:蛋白A與蛋白B都是存在的,證明樣本處理提取蛋白的步驟沒有任何問題。陰性對照IgG組和實驗組平行進行免疫沉淀實驗,結(jié)果蛋白A與蛋白B均沒有條帶,說明利用IgG抗體沒有把蛋白A和B沉淀下來,證明蛋白A和B與IgG沒有結(jié)合,排除了蛋白與抗體非特異性結(jié)合的可能性;而實驗組蛋白A和B均有條帶,表示利用蛋白A的抗體進行沉淀實驗,成功把蛋白A沉淀下來了,與此同時蛋白B也被沉淀下來,進而得到結(jié)論:蛋白A與蛋白B之間存在相互作用。

※  試劑盒寫著50T,意思是能做50次Co-IP實驗?

確切來說,試劑盒的50T代表著能夠完成50次免疫沉淀反應,而實際上免疫共沉淀實驗需要設置多個組別進行對照驗證,因此具體能夠完成多少次Co-IP實驗由設計方案決定,一般至少需要設置陰性對照、陽性對照、實驗組三個組別。

※  預清除步驟的作用是什么?必須要進行嗎?

這個步驟的目的是為去除樣本中可與protein A/G瓊脂糖珠非特異結(jié)合的蛋白質(zhì),減少干擾,非必做,如CoIP實驗中發(fā)現(xiàn)有較多雜帶,可考慮做一下;但應注意,選擇此步驟后,需要消耗瓊脂糖珠,后續(xù)能夠進行免疫沉淀的次數(shù)也相應減少。

※  陰性對照IgG組出現(xiàn)條帶是什么原因?
首先需要排除lgG和后續(xù)WB一抗同源導致的輕重鏈的干擾條帶(25kd和50kd附近);再者建議進行預清除實驗以排除Protein A/G的非特異性結(jié)合;再就是考慮lgG的問題可以換用其他品牌lgG嘗試。

 

※  出現(xiàn)假陽性結(jié)果該怎么排除?
假陽性結(jié)果需要設置對應的陰性對照組一一排除,假設實驗組為瓊脂糖珠+抗體X+靶蛋白X+抗體Y+目的蛋白Y:

可能出現(xiàn)假陽性結(jié)果的成因

對照組設置

瓊脂糖珠與X蛋白發(fā)生非特異結(jié)合

瓊脂糖珠+抗體X+抗體Y

瓊脂糖珠與Y蛋白發(fā)生非特異結(jié)合

瓊脂糖珠+蛋白Y

抗體X和目的蛋白Y非特異性結(jié)合

瓊脂糖珠+抗體X+蛋白Y

抗體的非特異性結(jié)合

IgG+蛋白X+蛋白Y


※  最后的實驗結(jié)果是陰性的,是否能說明兩個蛋白之間無相互作用?

對于內(nèi)源性Co-IP實驗,陰性結(jié)果不能說明無相互作用,也有可能是蛋白在細胞內(nèi)表達過低導致,因此建議先做過表達Co-IP作為對照。


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