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干貨 | 不同類型樣本RNA提取選擇指南

閱讀:883      發(fā)布時(shí)間:2024-2-6
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背景

 

核糖核酸(RNA)是生命科學(xué)“中心法則"的三大核心分子之一,它主要以DNA的一條鏈為模板,以堿基互補(bǔ)配對(duì)原則,轉(zhuǎn)錄形成的一條單鏈分子。RNA的主要功能是實(shí)現(xiàn)遺傳信息在蛋白質(zhì)上的表達(dá),是遺傳信息傳遞過程中的橋梁。


圖 中心法則

 

RNA根據(jù)結(jié)構(gòu)和功能的不同,又可以分為mRNA、rRNA、tRNA以及一些小分子RNA等。

 

表1 不同種類RNA


RNA種類

功能

mRNA

信使mRNA,編碼蛋白質(zhì)

rRNA

核糖體RNA,占75-85%,形成核糖體的基本結(jié)構(gòu)并催化蛋白質(zhì)的合成

tRNA

轉(zhuǎn)運(yùn)RNA,參與蛋白質(zhì)合成的主要RNA,充當(dāng)mRNA和氨基酸之間的轉(zhuǎn)換器

miRNA

微小RNA,降解mRNA或阻礙其翻譯,調(diào)節(jié)其他基因表達(dá)

snRNA

小核RNA,是真核生物轉(zhuǎn)錄后加工過程中RNA剪接體的主要成分,在RNA轉(zhuǎn)錄后加工具有重要作用

lncRNA

長(zhǎng)鏈非編碼RNA,在表觀遺傳調(diào)控、細(xì)胞周期調(diào)控和細(xì)胞分化調(diào)控等生命活動(dòng)中發(fā)揮重要作用




 

RNA提取

 

核酸提取在核酸分子檢測(cè)領(lǐng)域是及其關(guān)鍵的一步。對(duì)于RNA提取方法研究,具有較為悠久的發(fā)展歷史,形成了多種總RNA提取方法,如異硫氰酸胍-酚-氯仿抽提法(Trizol抽提法)、堿裂解法、柱層析法、磁珠法等。

 

1)柱層析法:通過特殊的硅膜柱吸附RNA,通過洗脫實(shí)現(xiàn)RNA的提取。這種方法操作簡(jiǎn)單、核酸提取得率高,是目前實(shí)驗(yàn)室常用的RNA提取方法;

2)磁珠法:采用吸附RNA,通過磁場(chǎng)來分離RNA。這種方法操作簡(jiǎn)單,且可以實(shí)現(xiàn)全自動(dòng)核酸提取,非常適合大批量RNA提取。

 

各種提取方法各有優(yōu)缺點(diǎn),需根據(jù)不同樣本類型以及實(shí)驗(yàn)需求來選擇。

 

愛必信明星產(chǎn)品Trizol(abs60154)是基于異硫氰酸胍-酚-氯仿抽提法的細(xì)胞或組織總RNA抽提試劑,對(duì)動(dòng)植物細(xì)胞或組織及細(xì)菌的總RNA抽提均適用。提取所得RNA溶于DEPC水后的A260/280值為1.8-2.0,同時(shí)可以保持樣本中RNA的完整性,適用于多種下游實(shí)驗(yàn)。

 

產(chǎn)品優(yōu)點(diǎn)

 

1)操作簡(jiǎn)單快速;
2)能抽提多種屬總RNA;
3)能抽提不同分子量大小的多種RNA;
4)能夠避免DNA和蛋白的污染;
5)RNA得率高、純度高;
6)抽提出來的RNA適用于多種實(shí)驗(yàn)。

 

圖 Trizol(abs60154)引用文獻(xiàn)展示

 

經(jīng)常會(huì)有客戶來咨詢是否能用Trizol進(jìn)行血液RNA提取,本期給大家介紹下以Trizol法提取血液樣本RNA實(shí)驗(yàn)操作。

 

實(shí)驗(yàn)原理

 

Trizol試劑是一個(gè)包含酚、異硫氰酸胍和SDS的單相酸性溶液,其在裂解細(xì)胞的同時(shí)抑制RNase的活性,隨后加入氯仿,酚會(huì)大量的溶解在氯仿中。由于DNA和RNA在酸性酚中的溶解性不同,造成DNA分布在下層的氯仿酚溶液中,RNA則分布在上層的水相中,最后用異丙醇沉淀水相中的RNA,并用70%乙醇洗滌沉淀,這樣就可以得到比較純凈的總RNA。 


圖 Trizol提取RNA流程圖

 

實(shí)驗(yàn)步驟

 

1、所需試劑、耗材設(shè)備

 

Trizol(abs60154)、無酶無菌水(abs9259)、氯仿、異丙醇、75%乙醇、無菌無酶離心管(abs7119)、無菌無酶吸頭(abs7072、abs7075、abs7081)、低溫離心機(jī)

 

1)取300-500μL新鮮全血加入裝有1mL Trizol的2mL離心管中(樣品體積一般不超過Trizol體積的10%),充分吹打均勻;
2)室溫靜置5min,使核酸蛋白質(zhì)復(fù)合物分離。(此時(shí)的樣品可在-80℃冰箱中長(zhǎng)期保存);
3)每1mL Trizol加入0.2mL氯仿,蓋緊管蓋,劇烈振蕩15s,室溫放置2-3min;
4)4℃ 12000xg離心15min,樣品會(huì)分成三層:桔黃色的下層有機(jī)相,中間層和無色的上層水相;
5)吸取含總RNA的上層水相至一新的離心管中,吸取水相的體積為所加Trizol試劑的60%;
6)按照每1mL Trizol的最初使用量加入0.5mL異丙醇,顛倒數(shù)次混勻,室溫放置10min;
7)4℃ 12000xg離心10min,棄除上清,可見膠狀的RNA沉淀;
8)按照每1mL Trizol的最初使用量加入1mL 75%乙醇,顛倒數(shù)次混勻,洗滌沉淀;
9)4℃ 12000xg離心5min,棄除上清;
10)室溫倒置5-10min晾干或真空抽干(不要使用真空干燥離心機(jī),以免RNA過干,難以溶解);
11)加入適量(如25uL)無酶無菌水(abs9259)或TE緩沖液,用加樣器吹打數(shù)次溶解RNA;
12)所得的RNA應(yīng)立即使用或適量分裝后-80℃保存,避免反復(fù)凍融。

 

注:對(duì)于其他樣本如動(dòng)植物細(xì)胞、組織、酵母細(xì)胞以及細(xì)菌請(qǐng)參考愛必信說明書

 

2、RNA質(zhì)量檢測(cè)方法

 

為了保證下游分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)的正常進(jìn)行,需要對(duì)提取好的RNA質(zhì)量進(jìn)行檢測(cè)。一般需要檢測(cè)RNA純度、濃度、完整性。

 

3、RNA濃度檢測(cè)

 

可以使用NanoDrop超微量分光光度計(jì)和Qubit系列熒光計(jì)檢測(cè)提取的RNA濃度。使用分光光度計(jì)檢測(cè)可以記錄各RNA樣品的濃度及OD260/OD280、OD260/OD230的比值。RNA的濃度是衡量所提取的RNA質(zhì)量高低的重要標(biāo)準(zhǔn),若RNA的濃度較低,則影響后續(xù)分子生物學(xué)試驗(yàn)。

 

4、RNA純度檢測(cè)

 

RNA的OD值是衡量RNA純度高低的一個(gè)重要指標(biāo),較為理想的總RNA的OD260/OD280比值應(yīng)為1.8~2.1,當(dāng)OD260/OD280的值小于1.8時(shí),說明RNA中存在較多的污染,這種污染可能是蛋白質(zhì)或者其他雜質(zhì)。當(dāng)OD260/OD280的值大于2.2時(shí),說明RNA已部分降解。OD260/OD230的值作為參考,一般大于2.0較好。若OD260/OD230的值低于2.0,則說明提取的RNA有污染,這種污染一般來自蛋白質(zhì)、鹽類或次生代謝物。

 

5、RNA完整性檢測(cè)

 

取提取的RNA樣品5µL,與1µL 5×RNA Loading Buffer混勻后,在100-120V電壓條件下,經(jīng)1%的瓊脂糖凝膠電泳30min。電泳結(jié)束后,經(jīng)凝膠成像系統(tǒng)檢查RNA電泳條帶的完整性。

 

瓊脂糖凝膠電泳條帶的質(zhì)量是評(píng)估提取的總RNA完整性快捷的方法,一般電泳條帶的亮度與提取的RNA濃度成正比。對(duì)于真核生物樣品,完整的總RNA在進(jìn)行變性凝膠電泳時(shí)會(huì)產(chǎn)生清晰的28S和18S rRNA條帶,兩條帶的亮度比約為2:1,并且可以觀察到5S rRNA條帶。


圖 總RNA電泳結(jié)果

 

其他RNA提取產(chǎn)品

 

為了滿足不同客戶分子實(shí)驗(yàn)需求,愛必信研發(fā)有針對(duì)不同樣本如動(dòng)植物組織和細(xì)胞、血液、病毒、微生物的RNA提取試劑盒,同時(shí)進(jìn)行了RNA提取方法學(xué)區(qū)分。我們擁有的優(yōu)勢(shì)有:

 

1)產(chǎn)品種類豐富;
2)產(chǎn)品安全性高;
3)RNA提取純度高;
4)RNA提取得率高;
5)操作簡(jiǎn)便快捷;
6)專業(yè)售前售后技術(shù)支持。

 

對(duì)于特殊、珍貴樣本,我們建議選擇用針對(duì)不同樣本類型的專項(xiàng)試劑盒??梢愿鶕?jù)以下表格指南進(jìn)行選擇。

 

表 RNA提取試劑盒選擇指南


樣本類型

貨號(hào)

產(chǎn)品名稱

規(guī)格

通用

abs60154

Trizol

500mL

abs60026

超純總RNA快速提取試劑盒(含DNase I)

50T

液體樣本

abs60025

液體樣本RNA抽提試劑

50mLx2

組織

abs60284

組織RNA提取試劑盒

100T

abs60027

組織/細(xì)胞RNA快速提取試劑盒(含Dnase I)

50T

細(xì)胞

abs60368

微量細(xì)胞RNA提取試劑盒

100T

abs60286

細(xì)胞RNA提取試劑盒

100T

FFPE樣本

abs60302

石蠟包埋組織RNA提取試劑盒

100T

血液

abs60029

全血RNA快速提取試劑盒(含Dnase I)

50T

abs60280

小量血液RNA提取試劑盒

100T

abs60567

血液RNA提取試劑盒(磁珠法)

100T

abs60282

中大量血液RNA提取試劑盒

80T

拭子

abs60288

拭子RNA提取試劑盒

100T

糞便

abs60290

糞便RNA提取試劑盒

100T

尿液

abs60292

尿液RNA提取試劑盒

100T

abs60294

中大量尿液RNA提取試劑盒

60T

病毒

abs60030

病毒基因組DNA/RNA快速提取試劑盒

50T





 

好消息!Absin文獻(xiàn)獎(jiǎng)勵(lì)重磅升級(jí)!

 


Absin特色產(chǎn)品線:

WB相關(guān):ECL發(fā)光液、預(yù)染marker、預(yù)制膠;IHC相關(guān):二抗試劑盒、組化筆;IP/CoIP試劑盒;激動(dòng)劑/抑制劑;血清、BSA、蛋白酶K、CTB、TTX、CEE;凋亡試劑盒;呼吸爆發(fā)試劑盒;ELISA試劑盒;重組蛋白;抗體: 二抗、標(biāo)簽抗體、對(duì)照抗體;定制服務(wù)(抗體/多肽/蛋白/標(biāo)記/檢測(cè))...

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