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技術(shù)文章

DNA Marker的選購(gòu)與問(wèn)題解答

閱讀:3397          發(fā)布時(shí)間:2018-5-16

一、novoprotein DNA Marker特點(diǎn):

  • 每個(gè)條帶均為單獨(dú)定量制備
  • 可以用于 DNA段大小和濃度的判斷
  • 帶型清晰明亮、條帶大小準(zhǔn)確,覆蓋范圍廣(100bp-10kb)
  • 明暗條帶優(yōu)化比例,條帶更美觀
  • 內(nèi)含上樣緩沖液和指示染料可直接上樣、快捷方便
  • 添加了特定穩(wěn)定劑,穩(wěn)定性高,于-20℃可保存兩年以上
  • 適用于 TAE 和 TBE緩沖體系
  • 可以任選條帶定制DIY DNA Marker
  • 價(jià)格優(yōu)勢(shì)明顯
     

二、如何選擇novoprotein DNA Marker
如圖為novoprotein 在售的18種DNA Marker,可以根據(jù)您的目的片段大小,選擇附近條帶較密的marker,這樣對(duì)目標(biāo)片段大小的估計(jì)較準(zhǔn)確。兩個(gè)不同目的帶同時(shí)電泳時(shí),盡量選擇同時(shí)可以標(biāo)定兩個(gè)目的片段的marker。如果您的實(shí)驗(yàn)有特殊條帶需求,我們還可以為您提供DIY DNA Marker定制服務(wù)。
 


(DNA Marker電泳圖)


三、novoprotein DNA Marker使用方法及注意事項(xiàng)

使用注意事項(xiàng):

  • 建議選擇合適濃度的瓊脂糖凝膠(DNA段越短膠濃度越大:<0.5k,膠濃度1.2-1.5%;>10kb濃度,0.3-0.7%;0.5<DNA<10kb,膠濃度為0.8-1.0%)
  • DNA Marker使用前*化凍并混合均勻
  • 取5 μl直接加入瓊脂糖凝膠的加樣孔中(約每1 mm點(diǎn)樣孔寬度加1 μl)進(jìn)行電泳
  • 低電壓下不受場(chǎng)強(qiáng)影響,分離效果好。一般電壓4-10v/cm,大片段電泳時(shí)注意控制電壓。
  •  及時(shí)更換電泳緩沖液

保存注意事項(xiàng):

4℃保存3個(gè)月以上,-20℃保存2年。(如客戶電泳使用頻繁可于室溫隨時(shí)使用,但我們推薦客戶于4℃存放)
DNA Marker 加樣時(shí)盡量使用新槍頭,避免核酸酶污染

四、DNA Marker使用問(wèn)題解析

  • 條帶模糊 

原因

解決方案

凝膠濃度不合適 

根據(jù)片段長(zhǎng)短選擇合適的凝膠濃度

電泳緩沖液緩沖能力差 

反復(fù)使用后緩沖能力下降需及時(shí)更換

電壓過(guò)高時(shí)間過(guò)長(zhǎng)

電壓不應(yīng)該超過(guò)20V/cm,電泳溫度應(yīng)該低于30℃

上樣量過(guò)多  

減少上樣量以marker條帶為準(zhǔn)條帶更清晰

電泳膠質(zhì)量不好

選擇好膠粉充分溶膠

Marker降解

防止核酸酶污染,確保保存溫度和時(shí)間


  • 亮度不夠或不均一

原因

解決方案

上樣量少

可適度增加上樣量

EB濃度低

按照要求加入EB,一般為終濃度0.5-1ug/ml

凝膠不均勻,膠質(zhì)過(guò)厚

充分煮膠至透明無(wú)雜質(zhì)和絲狀物,倒膠均勻適量

電泳膠亮度不均一

電泳時(shí)間過(guò)長(zhǎng)時(shí),瓊脂糖膠前部EB會(huì)遷移至膠后部,造成前后DNA染色亮度不一,可在電泳開始前,在瓊脂糖膠前部,靠近電泳槽陽(yáng)極附近加入少量EB并混勻。


  • 條帶污染

原因

解決方案

污染核酸外切酶至DNA降解

使用滅菌的槍頭,及時(shí)蓋緊管蓋

點(diǎn)樣時(shí)污染

加樣時(shí)及時(shí)更換槍頭

 

五、Marker條帶比較分析

對(duì)市場(chǎng)上熱銷DNA Ladder 2000同類型產(chǎn)品調(diào)查對(duì)比見(jiàn)下表:


公司名稱

次數(shù)

目錄價(jià)

定量條帶(標(biāo)稱)

普通條帶(標(biāo)稱)

備注

Takara

40

85

30ng/ul

10ng/ul

5ul電泳,亮帶150ng,其余50ng

康為世紀(jì)

50

48

30ng/ul

10ng/ul

5ul電泳,亮帶150ng,其余50ng

東盛

60

90

30ng/ul

15ng/ul

5ul電泳,亮帶150ng,其余75ng

SinoBio

50

70

20ng/ul

10ng/ul

5ul電泳,亮帶100ng,其余50ng

全式金

50

70

20ng/ul

10ng/ul

5ul電泳,亮帶100ng,其余50ng

天根

50

90

17ng/ul

8ng/ul

6ul電泳,亮帶100ng,其余50ng

 

由表中可以看出,我們的marker濃度在市場(chǎng)上位于中等水平,從價(jià)格來(lái)看也比較有優(yōu)勢(shì),且我們的活動(dòng)力度較大。(目前marker產(chǎn)品,買二送二

為了取得美觀的DNA Marker電泳分布圖譜,我們?cè)诋a(chǎn)品制備過(guò)程小幅度調(diào)整了非定量條帶的濃度,結(jié)果使定量條帶更醒目,相對(duì)其他條帶更易區(qū)分。


  • Marker條帶電泳圖譜比較

 

  • Novoprotein新產(chǎn)品DNA Ladder 2000 plus II
  • 2、Novoprotein DNA Ladder 2000
  • 3、T 1公司同類型 Marker DL2000
  • 4、T 2公司同類型 Marker D2000


 

 

 




(1%瓊脂糖膠,2ul電泳可見(jiàn)novoprotein DNA marker條帶清楚,帶型美觀。)

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