一、稀釋PCR陽性對照(以10E2-10E7拷貝/μL這6個10倍稀釋度為例) - 注意:由于標準品濃度非常高,因此下列稀釋操作一定要在獨立的區(qū)域進行,千萬不能污染樣品或本試劑盒的其他成分)。為增加產品穩(wěn)定性和避免擴散傳染性病原,本產品不提供活體樣品做陽性對照,只提供可以直接使用的DNA片段作為陽性對照。
- 標記6個離心管,分別為7,6,5,4,3,2。
- 用帶芯槍頭分別加入45 μL熒光PCR模板稀釋液(用帶芯槍頭,下同)。
- 在7號管中加入5 μL 1×10E8拷貝/μL 的陽性對照,充分震蕩1分鐘,得1×10E7拷貝/μL的陽性對照。放冰上待用。
- 換槍頭,在6號管中加入5 μL 1×10E7拷貝/μL 的陽性對照(上步稀釋所得),充分震蕩1分鐘,得1×10E6拷貝/μL的陽性對照。放冰上待用。
- 換槍頭,在5號管中加入5 μL 1×10E6拷貝/μL的陽性對照到5號管中,充分震蕩1分鐘,得1×10E5拷貝/μL的陽性對照。放冰上待用。
- 重復上面的操作直到得到6個稀釋度的陽性對照。放冰上待用。
二、樣品DNA的制備 - 如果有N個樣品,必須設置N+2個提取,多出的一個是PC(樣品制備陽性對照),一個是NC(樣品制備陰性對照)。可以用10μL上步制備的PCR陽性對照的第4號(濃度為1×10E4 拷貝/μL,10μL相當于1萬拷貝)或第5號(濃度為1×10E5 拷貝/μL,10μL相當于10萬拷貝)再加上一定量的水使總體積跟每次制備要求的體積一樣,以此作為PC。另外用水作為NC。如果每次制備需要200μL樣品,則PC和NC的體積也必須是200μL。
- 用自選方法純化樣品的DNA,本試劑盒跟市場上大多數(shù)病毒DNA提取試劑盒兼容。也可以選購本公司的一管式病毒DNAout或其升級版柱式病毒DNAout。本試劑盒免費贈送20次免核酸提取的天凈沙核酸釋放劑,其使用手冊可從
三、設置qPCR反應(20 μL體系,在樣品制備室進行) - 如果做定量分析并且只做1次重復,則標記N+9個PCR管,其中N+2個用于上步得到的N+2個樣品,1個用于PCR陰性對照,6個用于標準曲線。如果做定性分析,并且只做1次重復,則標記N+4個PCR管,其中N+2個用于上步得到的N+2個樣品,1個用于PCR陰性對照(用水做模板),1個用于PCR陽性對照(用第4號陽性對照稀釋液,濃度為10000拷貝/μL)。下面只描述定量分析的步驟,定性分析只是把6個標曲反應縮減成1個,其余不變。
- 在標記管中按下表加入各成分(本表只列出一次重復。樣品管和陰性對照設置完畢后才設置陽性對照,并且陽性對照樣品要等所有管子蓋上蓋子儲存好后后加):
成分 | 樣品管 N+2個 | PCR陰性對照管 | PCR陽性 對照管(2-7管) | 2×qPCR MagicMix | 10 μL | 10 μL | 各10 μL | 人皰疹病毒8型染料法qPCR引物混合液 | 2 μL | 2 μL | 各2 μL | 自備10×ROX (見注) | 2 μL | 2 μL | 各2 μL | N+2待測樣品DNA模板 | 6 μL | 不加 | 不加 | 第7步所得PCR陽性對照 稀釋液(2-7號) | 不加 | 不加 | 各6μL(2號樣到2號管,3號樣到3號管…) |
注:僅ABI7500、7700和7900儀器需要使用ROX作為對照,其他熒光PCR儀器(如iCycler IQ、MJ Option、MJ Chromo4、MX3000、MX4000、RotorGene 3000、RotorGene 6000和LightCycler480)不需要使用ROX,則用水替代。 - 蓋上蓋子后上機,按下面參數(shù)進行PCR(具體PCR參數(shù)可以根據儀器不同而自行優(yōu)化)。
過程 | 溫度 | 時間 | 預變性 | 95℃ | 5分鐘 | PCR反應 (40個循環(huán)) | 95℃ | 15 秒 | 60℃ | 60 秒(采集FAM通道的熒光信號) |
具體操作按所用儀器推薦的流程進行。本產品中所含的熒光染料在不結合DNA時,大吸收光譜在471 nm,結合DNA時的大吸收光譜在500 nm,大發(fā)射光譜在530 nm。信號采集可以設置在復性或延伸步驟。 - 如果把本試劑盒用于定量檢測,則以陽性對照濃度的log值為橫軸,以Ct值為縱軸,繪制標準曲線。再以待測樣品的Ct值從標準曲線上推算出樣品DNA濃度的log值,再推算出其濃度。
- 如果把本試劑盒用于定性檢測,只判斷陽性或陰性,則陰性對照Ct必須大于或等于40。陽性對照必須有熒光對數(shù)增長,有典型擴增曲線,Ct值應該小于或等于30。對待測樣品,如果其Ct大于或等于40則為陰性,如果小于或等于35則為陽性。如果在35-40之間,則重復一次。重復實驗的Ct值如果大于或等于40則為陰性,如果小于40,則為陽性。
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