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技術(shù)文章

研究使用一種針對癌癥甲基化特征的機器學(xué)習(xí)算法來診斷結(jié)直腸癌

閱讀:338          發(fā)布時間:2020-1-10

在一項新的研究中,來自中國中山大學(xué)腫瘤防治中心、廣州優(yōu)澤生物技術(shù)有限公司、華中科技大學(xué)同濟醫(yī)學(xué)院、上海市人民醫(yī)院、四川大學(xué)、第四軍醫(yī)大學(xué)和澳門科技大學(xué)的研究人員使用了一種針對癌癥甲基化特征的機器學(xué)習(xí)算法來診斷結(jié)直腸癌。

       當(dāng)前,檢測結(jié)直腸癌的金標(biāo)準(zhǔn)是結(jié)腸鏡檢查---不幸的是,這種方法是侵入式的,這會讓患者感到不舒服和尷尬。鑒于此,許多人放棄了測試,可悲的是,其中的一些人患上了結(jié)直腸癌,但長時間未被發(fā)現(xiàn)。拒絕檢測是有問題的,這是因為結(jié)直腸癌是第三大致命癌癥。
       科學(xué)家們意識到了這個問題,并繼續(xù)尋找其他方法來檢測這種疾病。一個有前景的研究領(lǐng)域涉及在血液中尋找這種疾病的標(biāo)志物,這種方法的侵入性要小得多。不幸的是,這樣的測試仍然不如結(jié)腸鏡檢查有效。在這項新的研究中,這些研究人員研究了組合使用兩種診斷工具來提高準(zhǔn)確性的可能性。
       一種診斷工具涉及鑒定結(jié)直腸癌特異性的甲基化特征。這些研究人員通過比較患有結(jié)直腸癌的人和沒有患結(jié)直腸癌的人的癌組織來做到這一點,更具體地說,尋找循環(huán)腫瘤DNA(circulating tumor DNA, ctDNA)的甲基化差異。一旦找到了這些ctDNA甲基化標(biāo)志物,便使用機器學(xué)習(xí)算法在有風(fēng)險患上結(jié)直腸癌的人群中發(fā)現(xiàn)癌癥。這種算法針對來自801個患有結(jié)直腸癌的人和1021個未患有結(jié)直腸癌的人的細(xì)胞數(shù)據(jù)進(jìn)行了訓(xùn)練,并學(xué)會了區(qū)分細(xì)胞類型。一旦這種方法知道要尋找什么,他們就會對已知患有結(jié)直腸癌的患者進(jìn)行測試。他們報道這種方法的靈敏度為87.5%,特異性為89.9%。
       這些研究人員還報道,他們與這種診斷工具一起開發(fā)的一種改良的預(yù)后模型經(jīng)發(fā)現(xiàn)在預(yù)測患者長達(dá)26.6個月的死亡風(fēng)險方面是有用的。他們還發(fā)現(xiàn)其中的一種ctDNA甲基化標(biāo)志物--- cg10673833---在這種篩選過程中特別有用。

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