聚合酶鏈反應(yīng)簡(jiǎn)稱PCR(Polymerase Chain Reaction)，是以DNA半保留復(fù)制機(jī)制為基礎(chǔ)，發(fā)展出的體外酶促合成、擴(kuò)增特定核酸片段的一種方法。

一、模板和底物

DNA復(fù)制是模板依賴性的，必須以親代DNA鏈作為模板，親代DNA的兩股鏈解開(kāi)后，可分別作為模板進(jìn)行復(fù)制。同時(shí)，DNA復(fù)制需要以四種脫氧核糖核苷酸，即dATP、dGTP、dCTP、dTTP，為底物合成子代DNA。

在體外進(jìn)行DNA復(fù)制時(shí)，模板和底物均可通過(guò)人工添加解決。

二、引物

DNA聚合酶必須以一段具有3’端自由羥基（3’-OH）的RNA作為引物，才能開(kāi)始合成子代DNA鏈。

在體外進(jìn)行DNA復(fù)制時(shí)，可以人工合成具有特定序列的寡核苷酸作為引物，該引物序列與進(jìn)行擴(kuò)增的目的核酸片段互補(bǔ)匹配，從而開(kāi)始目的片段的擴(kuò)增。

因?yàn)橐锏膲A基序列需要與目的片段相匹配，在合成引物之前，必須首先已知目的片段的堿基序列，至少也要知道目的片段的部分序列，從而確定合成引物的堿基序列。

三、模板雙鏈的解旋

在DNA的半保留復(fù)制機(jī)制中，雙鏈DNA的解旋是在拓?fù)洚悩?gòu)酶和解鏈酶的作用下完成的，該過(guò)程需要拓?fù)洚悩?gòu)酶識(shí)別DNA的復(fù)制起點(diǎn)才能開(kāi)啟，而體外擴(kuò)增特定的核酸片段只需要特異性的復(fù)制目的核酸片段，因而需要一種方式使得模板DNA解旋為單鏈DNA，之后在使之與引物結(jié)合，從而特異性的擴(kuò)增目的核酸片段。

三、DNA的變性

DNA變性是指核酸雙螺旋結(jié)構(gòu)中堿基對(duì)的氫鍵斷裂，使得雙鏈變?yōu)閱捂湹倪^(guò)程。

對(duì)雙鏈DNA進(jìn)行加熱可以使其發(fā)生變性，當(dāng)溫度升高到一定高度時(shí)，DNA在260nm處的吸光度會(huì)突然發(fā)生明顯的上升，并達(dá)到最大值，之后溫度繼續(xù)上升，其吸光度也不會(huì)發(fā)生明顯變化，若以溫度對(duì)DNA溶液的260nm吸光度做圖，會(huì)得到典型的DNA變性S型曲線。

DNA的變性是在一個(gè)很窄的溫度范圍內(nèi)發(fā)生的，通常將核酸加熱變性過(guò)程中，紫外光吸收值達(dá)到最大值50%時(shí)的溫度稱為核酸的熔解溫度 (Tm, melting temperature)。

1. 特定核酸分子的Tm值與其G+C含量成正相關(guān)，GC% = (Tm-69.3) × 2.44；

2. Tm值的大小還與核酸分子的長(zhǎng)度有關(guān)，核酸分子越長(zhǎng)，Tm值越大；

3. 粒子強(qiáng)度越高，熔解溫度越高，熔解溫度范圍越窄。

四、DNA的復(fù)性

加熱變性的DNA在緩慢冷卻后可以由單鏈恢復(fù)為雙鏈結(jié)構(gòu)，這一過(guò)程稱為DNA的復(fù)性，也稱為“退火 (annealing)"。

當(dāng)溫度降低至比變性DNA的Tm低25℃時(shí)，其復(fù)性效果*佳，越遠(yuǎn)離此溫度，復(fù)性效果越差。

因此，可以利用此特性，在加熱使模板DNA變性后，將溫度降低至特定溫度，從而使所加引物與模板DNA復(fù)性結(jié)合，進(jìn)而能夠?qū)σ锼?guī)定的核酸片段進(jìn)行特異性的擴(kuò)增。

五、DNA聚合酶

為了使模板中特定的核酸片段進(jìn)行擴(kuò)增，在模板與引物結(jié)合后，需要有DNA聚合酶的參與，但是由于DNA變性和復(fù)性過(guò)程的溫度較高，普通的DNA聚合酶在此過(guò)程中會(huì)由于溫度過(guò)高而失活。

科學(xué)家為了解決該問(wèn)題，從水生棲熱菌 (Thermus Aquaticus) 中分離出了具有熱穩(wěn)定性的DNA聚合酶，該酶可以耐受90℃以上的高溫而不失活。