單細胞分離法是一種從待分離的材料中直接分離單個細胞進行培養(yǎng)獲得純培養(yǎng)的方法。該法在顯微鏡下操作，對于體積較大的微生物，可以用毛細管提取微生物個體；對較小的細胞或孢子，可以用顯微針、鉤、環(huán)等挑取以獲得單細胞；也可將適當稀釋后的樣品制成小液滴，在顯微鏡下選取只含有一個細胞的液滴培養(yǎng)。
毛細管分離法：對于較大的微生物，可采用毛細管提取單個個體，并在大量的滅菌培養(yǎng)基中轉移清洗幾次，除去較小微生物的污染。這項操作可在低倍顯微鏡，如解剖顯微鏡下進行。
顯微操作法：對于個體相對較小的微生物，需采用顯微操作儀，在顯微鏡下進行。目前，市場上有售的顯微操作儀種類很多，一般是通過機械、空氣或油壓傳動裝置來減小手的動作幅度，在顯微鏡下用毛細管或顯微針、鉤、環(huán)等挑取單個微生物細胞或孢子以獲得純培養(yǎng)。
小滴分離法：在沒有顯微操作儀時，也可采用一些變通的方法在顯微鏡下進行單細胞分離，例如，將經(jīng)適當稀釋后的樣品制備成小液滴在顯微鏡下觀察，選取只含一個細胞的液滴進行培養(yǎng)以獲得純培養(yǎng)。細胞分離法對操作技術有比較高的要求，限于高度專業(yè)化的科學研究中采用。
單細胞的分離：從異質性的細胞群體中分離單細胞，目前主要有三種選擇：手動分離、熒光激活細胞分選和微流體技術。當然，除了成熟的方法，巧妙的新方法也在不斷涌現(xiàn)，能以更高的準確性和特異性來分離單細胞。
如果你想要的細胞已經(jīng)處于懸浮狀態(tài)（比如循環(huán)腫瘤細胞），而且含量相對比較豐富，那么流式分選將是你的理想選擇。如果樣本是實體組織，我們可以用酶分解掉膠原和其他細胞外蛋白。不過，酶學消化對細胞影響較大，甚至可能改變基因轉錄情況。把組織細胞制備成懸液之后，我們就可以通過特異性的熒光標簽分離出自己想要的細胞。進一步拿到單細胞是比較棘手的一步，也許要借助微流體設備。
將細胞分散到懸液中，會失去它們在組織里的位置信息。如果你想了解單細胞所處的環(huán)境和它們以前的鄰居，就需要用到激光捕獲顯微切割技術。這種技術通過掃描組織切片來定位感興趣的細胞，并將其提取出來。操作者需要小心，以免切到細胞或細胞核。數(shù)量稀少的細胞只能用毛細管等器具手動獲取。
