單細胞分析能夠準確的提供出細胞內(nèi)物質(zhì)及細胞內(nèi)生化反應的準確信息，能夠反應出細胞的功能與化學組分間的特定關(guān)系，以及某些細胞在生命體內(nèi)的特殊作用。在對單細胞分析研究中，主要涉及單細胞進樣、溶膜、衍生及檢測技術(shù)。單細胞分析中如何取樣是該方法研究的關(guān)鍵之一。單個全細胞進樣可以用電遷移或流體動力學進樣。由于以上方法需要對毛細管的進樣端口進樣腐蝕，并且需要一些精密微操縱系統(tǒng)，所以操作比較復雜。
細胞在進入毛細管通道后，一般需要對細胞進行溶膜以便進行細胞內(nèi)物質(zhì)的分析分離檢測。通常使用表面活性劑或者用低滲溶液達到細胞膜破裂的目的。這種方法操作簡單并且效率較高，細胞溶膜過程一般為幾秒鐘。在對于細胞內(nèi)一些反應速度很快(秒級或更短的時間)的生化反應，例如細胞內(nèi)的酶活性，若能準確分析檢測這些物質(zhì)，就需要實驗中細胞能在亞秒時間內(nèi)溶膜，終止其生化反應。
單細胞內(nèi)很多物質(zhì)沒有天然的熒光特性或電化學活性，因此要對這些物質(zhì)進行檢測分析就需要經(jīng)過衍生化。單細胞衍生有柱前、柱后、柱上與細胞內(nèi)衍生。
單細胞分析柱前衍生是指先將單細胞溶膜，使組分經(jīng)過衍生后再注入毛細管進行電泳分離的分析方法。柱前衍生具有較大的自由性。柱上衍生的方法就是先把衍生試劑溶入到流動相中，再注入樣品，使分析物和衍生試劑在流動相中完成反應。柱前和柱后衍生主要面對分析物的多重標記，導致電泳峰的分析及定量難以分辨。
