Namocell分選單個植物原生質(zhì)體用于單細胞測序

2022年11月28日， Zhan et al.研究團隊在The Plant Journal雜志發(fā)表文章Coexpression network and trans-activation analyses of maize reproductive phasiRNA loci，鑒定了與玉米花藥發(fā)育相關的時序基因共表達網(wǎng)絡（模塊），包括兩個高度富集的21-或24-PHAS位點的模塊。

作者利用Bulk-protoplast RNA測序?qū)τ衩自|(zhì)體進行逆轉(zhuǎn)錄分析，發(fā)現(xiàn)2個與21-PHAS位點共表達的轉(zhuǎn)錄因子可以激活幾個21個核苷酸phasiRNAs通路基因，但不能激活21-PHAS位點的轉(zhuǎn)錄。同時使用單細胞（原生質(zhì)體）RNA測序的24-PHAS位點的轉(zhuǎn)錄調(diào)控因子，也都沒有檢測到21-PHAS或24-PHAS位點的可重復激活。研究結(jié)果表明，玉米花藥中的內(nèi)源性轉(zhuǎn)錄機制和/或染色質(zhì)狀態(tài)是激活生殖PHAS位點所必需的。

【重點】通過單細胞（原生質(zhì)體）RNA-Seq篩選共同調(diào)控生殖PHAS位點的TF組合

為了確定減數(shù)分裂前轉(zhuǎn)錄因子的任何組合是否可以共同激活21-PHAS位點或與21-核苷酸phasiRNA通路相關的基因，作者在玉米葉片原生質(zhì)體中瞬時表達了上述原生質(zhì)體RNA-Seq分析中使用的所有結(jié)構(gòu)，包括23個轉(zhuǎn)錄因子結(jié)構(gòu)和p35S：：GFP質(zhì)粒。使用Namocell Hana單細胞分離儀分離GFP陽性原生質(zhì)體，其中96個單原生質(zhì)體，以下稱為PS1（原生質(zhì)體組合1），用于單細胞（原生質(zhì)體）RNA-Seq處理。為了確定MS23、MS32、bHLH51和bHLH122的任何組合是否可以共同激活24個-PHAS位點或24個核苷酸的phasiRNA通路基因，作者還對另一組96個原生質(zhì)體（原生質(zhì)體組合2；PS2）進行了單一原生質(zhì)體RNA-Seq實驗，轉(zhuǎn)染了8個表達4個bHLHs的質(zhì)粒，每個都作為與GFP的N端和c端融合，以及p35S：：GFP（表S11）。所有192個原生質(zhì)體的PCA顯示，這兩個細胞群在第二主成分上可以很好地分離出來（圖4a），表明兩個TF構(gòu)建庫在原生質(zhì)體中激活了不同的基因表達程序。在每一組原生質(zhì)體中，表達大量結(jié)構(gòu)的原生質(zhì)體通常與那些沒有可檢測到的構(gòu)建特異性轉(zhuǎn)錄本的原生質(zhì)體不同（圖4a），這進一步支持了單個原生質(zhì)體的不同轉(zhuǎn)錄組譜是由于轉(zhuǎn)錄因子的異位表達所致的觀點。

• 輕 柔 - 壓力小于 2psi，保護細胞活性

• 快 速 - 分選快（1min），初始化快（2min），樣本切換快（1min）

• 精 準 - 配備 2-11 色熒光通道，精準捕獲目的細胞

• 無 菌 - 一次性無菌芯片，隔絕樣本污染

• 輕 松 - 無需調(diào)校，開機即用

• 輕 巧 - 體積小巧，方便搬動

Namocell 是一家成立于美國硅谷的專注于單細胞分選技術的生物儀器公司，2022年7月加入Bio-Techne。公司自主研發(fā)的微流控單細胞分選平臺，使復雜的單細胞分選變得極其簡單快速，極大地推動了單細胞分析在基礎研究和臨床上的應用。我們的單細胞分選儀已在細胞株的構(gòu)建，單克隆抗體的篩選，細胞基因編輯，基因及細胞治療，癌癥液體活檢，癌癥免疫治療，產(chǎn)前基因篩查，噬菌體展示，單細胞基因組學等多方面得到廣泛的應用。目前Namocell微流控單細胞分選儀已經(jīng)被世界各大頂尖研究機構(gòu)及生物制藥公司廣泛應用于生命科學研究的各個領域，例如美國國立衛(wèi)生研究院(NIH)，美國食品藥品監(jiān)督管理局 (FDA)，美國疾病控制與預防中心(CDC)，哈佛大學，斯坦福大學，麻省理工大學，Genentech，Merck，Biogen，BMS，Janssen，Boehringer-Ingelheim等。