反相填料鍵合了C4，C8，C18 等非極性烷基官能基團(tuán)，這種反相分離模式與正相相反，在反相色譜中，非極性或疏水性化合物被強(qiáng)烈保留，而極性樣品被弱保留，可更快的通過柱床。由于其良好的重現(xiàn)性和廣泛的應(yīng)用范圍，利用反相填料正成為一種流行的純化分離技術(shù)。

C18柱

Flash C18柱以十八烷基硅膠為填料，通過強(qiáng)疏水作用保留非極性化合物。吸附分離土壤中的有機(jī)污染物，如多環(huán)芳烴、檢測(cè)食品中的農(nóng)藥和獸藥殘留，如抗生素、分析食品中的色素和糖分、在進(jìn)行離子交換前對(duì)水溶液進(jìn)行脫鹽。

C8柱

Flash C8柱以辛基硅膠為填料，為中等疏水性的反相硅膠基質(zhì)填料，通過疏水相互作用保留非極性化合物。與C18填料相比，C8填料的碳鏈較短，非極性疏水相互作用較弱，可吸附分離在C18上過度保留的物質(zhì)。