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項目分類 | 名稱 | 描述 |
Illumina SNP芯片 | Human omni-zhonghua-8 beachip | 包含90萬個位點 |
Agilent表達譜芯片 | Agilent SurePrint G3 Human Gene Expression 8×60K V2 | 涵蓋50,599條轉(zhuǎn)錄本信息 |
Agilent SurePrint G3 Mouse Gene Expression 8×60K | 涵蓋55,681條轉(zhuǎn)錄本信息 | |
Agilent SurePrint G3 Rat Gene Expression 8×60K | 涵蓋30,003條Entrez Gene RNAs | |
Agilent miRNA芯片 | Agilent Human miRNA Array V19.0 | 覆蓋2006個人類相關(guān)miRNA |
Agilent Rat miRNA Arrary V19.0 | 覆蓋719個大鼠相關(guān)miRNA | |
Agilent Mouse miRNA Array V19.0 | 覆蓋1247個小鼠相關(guān)miRNA | |
Agilent 定制miRNA Array V19.0 | 可以定制數(shù)據(jù)庫包含的各個物種的相關(guān)miRNA | |
Illumina人DNA甲基化芯片服務(wù) | IlluminaInfinium Human Methylation450 BeadChip | 包含了450,000多個甲基化位 |
數(shù)據(jù)分析(以miRNA芯片分析為例)
標準分析
芯片預處理與標準化;
篩選差異表達microRNA;
microRNA聚類圖、火山圖以及熱圖等;
microRNA靶基因預測,基于多數(shù)據(jù)庫整合的靶基因預測以及上海豐核自主知識產(chǎn)權(quán)的預測軟件同時識別;
對預測的microRNA的靶基因進行GO富集分析通路富集分析等。
個性化分析
1.microRNA網(wǎng)絡(luò)分析:microRNA靶基因失調(diào)網(wǎng)絡(luò);microNRA功能協(xié)同作用網(wǎng)絡(luò)。
2.microRNA與其他芯片整合分析:與lncRNAs芯片結(jié)果聯(lián)合分析(ceRNA Analysis);與mRNA芯片整合分析;與DNA甲基化芯片結(jié)果聯(lián)合分析。
3.與臨床數(shù)據(jù)整合分析
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