轉(zhuǎn)錄組測序 服務介紹
轉(zhuǎn)錄組即某個物種或特定細胞在某一功能狀態(tài)下產(chǎn)生的RNA的總和，是研究細胞表型和功能的一個重要手段。與基因組不同的是，轉(zhuǎn)錄組的定義中包含了時間和空間的限定。同一細胞在不同的生長時期及生長環(huán)境下，其基因表達情況是不相同的。轉(zhuǎn)錄組測序（RNA-Seq）是指利用第二代高通量測序技術(shù)進行cDNA測序，快速地獲取某一物種特定器官或組織在某一狀態(tài)下的轉(zhuǎn)錄本。相對于傳統(tǒng)芯片而言，RNA-Seq無需預先設計探針，即可對物種的細胞類型的轉(zhuǎn)錄組進行檢測，能夠提供較的數(shù)字化信號，更高的檢測通量以及更廣泛的檢測范圍，是目前深入研究轉(zhuǎn)錄組復雜性的良好工具。
轉(zhuǎn)錄組測序 操作流程
1. 全轉(zhuǎn)錄組總RNA提取；
2. mRNA分離和文庫構(gòu)建；
3. 高通量測序；
4. 數(shù)據(jù)處理與生物信息學分析；
5. 測序報告生成
生物信息分析
(一)無參考基因組序列的轉(zhuǎn)錄組
1. 標準信息分析
1) 對原始數(shù)據(jù)進行去除接頭序列及低質(zhì)量reads的處理；
2) 數(shù)據(jù)產(chǎn)出統(tǒng)計及測序數(shù)據(jù)的成分和質(zhì)量評估；
3) 進行基因表達定量分析
4) 組裝結(jié)果分析；
5) Unigene功能注釋及COG分析；GO分類；pathway分析；NR分析；Swissprot分析
6) Unigene表達差異分析；
7) 差異基因的表達模式聚類分析
8) 差異表達基因的GO功能富集分析和Pathway富集性分析；
9) 差異表達基因的蛋白互作網(wǎng)絡分析；
10) SNP分析
2. 分析
轉(zhuǎn)錄調(diào)控網(wǎng)絡分析，及網(wǎng)絡圖構(gòu)建和重要TF分析；
通路交互網(wǎng)絡分析，重要通路分析。
差異表達基因共表達分析，構(gòu)建網(wǎng)絡圖
轉(zhuǎn)錄因子活性分析，預測重要的轉(zhuǎn)錄因子；
基因共上游調(diào)控元件預測
miRNA預測，預測調(diào)控靶基因的重要miRNA
主成分分析
(二)有參考基因組序列的轉(zhuǎn)錄組
1. 標準信息分析
1) 對原始數(shù)據(jù)進行去除接頭污染序列及低質(zhì)量 reads 的處理
2) 參考基因組比對
3) 進行基因表達定量分析
4) 可變剪切分析（真核）
5) 新轉(zhuǎn)錄本預測：新mRNA和新lncRNA預測
6) 差異表達基因分析（2個或者2個以上的樣本）
7) 差異基因的表達模式聚類分析
8) 差異基因的GO功能富集分析和KEGG PATHWAY富集分析
9) 差異基因的蛋白互作網(wǎng)絡分析
10) SNP分析
2. 分析
lncRNA-mRNA表達關(guān)聯(lián)性分析，及網(wǎng)絡圖構(gòu)建；
轉(zhuǎn)錄調(diào)控網(wǎng)絡分析，及網(wǎng)絡圖構(gòu)建和重要TF分析；
通路交互網(wǎng)絡分析，重要通路分析。
差異表達基因共表達分析，構(gòu)建網(wǎng)絡圖
轉(zhuǎn)錄因子活性分析，預測重要的轉(zhuǎn)錄因子；
基因共上游調(diào)控元件預測
miRNA預測，預測調(diào)控靶基因的重要miRNA
主成分分析
藥物小分子預測分析（適用于人類），得到相關(guān)的藥物小分子。
樣品要求
1）樣品類型：細胞、新鮮組織或RNA樣品。
2）樣品的量：細胞樣品請?zhí)峁┲辽?×107個細胞，組織樣品請?zhí)峁┲辽?00mg的組織塊或切片，RNA樣品請?zhí)峁?0 μg以上的總RNA。
3）樣品質(zhì)量：RNA無明顯降解，提取的總RNA OD260/280值在1.8~2.2之間，濃度 ≥ 500 ng/μl，28S:18S ≥ 1.5，RIN ≥ 8。
4）樣品保存：細胞樣品或新鮮組織塊（切成~50mg的小塊）可用TRIZOL或RNA保護劑處理或液氮凍存后，-80℃保存。RNA樣品可溶于乙醇或RNA-free的超純水中，-80℃保存。樣品保存期間避免反復凍融。
5）樣品運輸：樣品置于1.5 ml管中，封口膜封好，干冰運輸。