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2022年12月，Gon?alo Castelo-Branco課題組和美國紐約基因組中心Ivan Raimondi團隊同期在Nature Biotechnology上發(fā)表了關(guān)于nanobody-Tn5的文章。
Nanobody-Tn5主要是將納米抗體與Tn5轉(zhuǎn)座酶進行融合，制備出可結(jié)合兩種不同物種（小鼠和兔）一抗的anti-mouse Tn5和anti-rabbit Tn5。這兩種nanobody-Tn5中包埋了含不同index的接頭序列，Tn5切割染色質(zhì)時，接頭插入到染色質(zhì)中，通過不同的index來區(qū)分來源于mouse的一抗靶向區(qū)域還是來源于rabbit一抗靶向的區(qū)域。關(guān)于這兩篇文章，Nature Biotechnology雜志也給出了回應(yīng)：這兩篇論文的主要創(chuàng)新是在檢測中使用納米抗體，可以測量單個細胞中兩種或更多組蛋白修飾的全基因組存在，以及細胞表面蛋白表達(NTT-seq)或染色質(zhì)可及性(Nano-CT)。這種方法使我們能夠在更高的水平上以高靈敏度和準確性觀察復雜的單個細胞表觀基因組研究。
關(guān)于這個利用nanobody-Tn5（anti-rabbit tn5和anti-mouse tn5）組成的Multi-CUT&Tag標準化試劑盒的性能大家也很期待吧，來，我們上一波數(shù)據(jù)吧！
圖.H3K4me1使用常規(guī)CUT&Tag試劑盒和Multi-CUT&Tag試劑盒結(jié)果圖
使用常規(guī)CUT&Tag試劑盒以及Multi-CUT&Tag試劑盒做單靶標時，結(jié)果差異不大，在某些位點上，Multi-CUT&Tag信號更明顯。Multi-CUT&Tag做雙靶標實驗時，聯(lián)合其他抗體（K3K27ac、H3K4me3、H3K36me3）均能拆分并且分析結(jié)果與單靶標結(jié)果一致。
將H3K4me3使用常規(guī)的CUT&Tag試劑盒以及使用nanobody-Tn5的試劑盒進行單靶標和多靶標建庫并上機測序，結(jié)果如下：
圖：H3K4me3使用常規(guī)CUT&Tag試劑盒和Multi-CUT&Tag試劑盒結(jié)果圖
使用常規(guī)CUT&Tag試劑盒以及Multi-CUT&Tag試劑盒做單靶標時，結(jié)果差異不大。Multi-CUT&Tag做雙靶標實驗時，聯(lián)合其他抗體（K3K27me3、H3K4me1、H3K9me3、H3K9ac）均能拆分并且分析結(jié)果與單靶標結(jié)果一致。
將H3K9me3使用常規(guī)的CUT&Tag試劑盒以及使用nanobody-Tn5的試劑盒進行單靶標和多靶標建庫并上機測序，結(jié)果如下：
圖.H3K9me3使用常規(guī)CUT&Tag試劑盒和Multi-CUT&Tag試劑盒結(jié)果圖
使用常規(guī)CUT&Tag試劑盒以及Multi-CUT&Tag試劑盒做單靶標時，結(jié)果差異不大，在某些位點上，Multi-CUT&Tag信號更明顯。Multi-CUT&Tag做雙靶標實驗時，聯(lián)合其他抗體（K3K27ac、H3K4me3、H3K36me3）均能拆分并且分析結(jié)果與單靶標結(jié)果一致。
將H3K27ac使用常規(guī)的CUT&Tag試劑盒以及使用nanobody-Tn5的試劑盒進行單靶標和多靶標建庫并上機測序，結(jié)果如下：
圖.H3K27ac使用常規(guī)CUT&Tag試劑盒和Multi-CUT&Tag試劑盒結(jié)果圖
使用常規(guī)CUT&Tag試劑盒以及Multi-CUT&Tag試劑盒做單靶標時，結(jié)果差異不大，在某些位點上，Multi-CUT&Tag信號更明顯。Multi-CUT&Tag做雙靶標實驗時，聯(lián)合其他抗體（K3K27me3、H3K4me1、H3K9me3、H3K9ac）均能拆分并且分析結(jié)果與單靶標結(jié)果一致。
將H3K27me3使用常規(guī)的CUT&Tag試劑盒以及使用nanobody-Tn5的試劑盒進行單靶標和多靶標建庫并上機測序，結(jié)果如下：
圖.H3K27me3使用常規(guī)CUT&Tag試劑盒和Multi-CUT&Tag試劑盒結(jié)果圖
使用常規(guī)CUT&Tag試劑盒以及Multi-CUT&Tag試劑盒做單靶標時，結(jié)果差異不大。Multi-CUT&Tag做雙靶標實驗時，聯(lián)合其他抗體（K3K27ac、H3K4me3、H3K27ac、H3K36me3）均能拆分并且分析結(jié)果與單靶標結(jié)果一致。
將H3K9ac使用常規(guī)的CUT&Tag試劑盒以及使用nanobody-Tn5的試劑盒進行單靶標和多靶標建庫并上機測序，結(jié)果如下：
圖.H3K9ac使用常規(guī)CUT&Tag試劑盒和Multi-CUT&Tag試劑盒結(jié)果圖
使用常規(guī)CUT&Tag試劑盒以及Multi-CUT&Tag試劑盒做單靶標時，結(jié)果差異不大，在某些位點上，Multi-CUT&Tag信號更明顯。Multi-CUT&Tag做雙靶標實驗時，聯(lián)合其他抗體（K3K27ac、H3K4me3、H3K36me3）均能拆分并且分析結(jié)果與單靶標結(jié)果一致。
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