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但CE與質(zhì)譜接口的穩(wěn)定性不足、CE方法重復(fù)性略差、電泳分離過(guò)程受pH值和溫度等因素的影響，以及蛋白酶解物在電泳過(guò)程中的吸附造成樣本損失等問(wèn)題的存在，限制了CE-MS在單細(xì)胞蛋白質(zhì)組學(xué)中的進(jìn)一步應(yīng)用。
對(duì)細(xì)胞的精確認(rèn)知是理解細(xì)胞在生理和病理過(guò)程中功能的先決條件。傳統(tǒng)研究手段是針對(duì)細(xì)胞群體進(jìn)行分析，獲得大量細(xì)胞的平均化結(jié)果，無(wú)法區(qū)分不同細(xì)胞個(gè)體對(duì)于樣品異質(zhì)性的精確貢獻(xiàn)值，從而忽視或掩蓋了單細(xì)胞的個(gè)體差異。
單細(xì)胞內(nèi)蛋白質(zhì)種類(lèi)繁多，豐度低，動(dòng)態(tài)分布范圍寬且無(wú)法擴(kuò)增，因此對(duì)檢測(cè)手段提出了更高的靈敏度要求。在眾多高靈敏分析方法中，熒光檢測(cè)方法的靈敏度可以達(dá)到單分子水平，并且具有動(dòng)態(tài)跟蹤能力，但是其蛋白質(zhì)檢測(cè)通量有限。然而電化學(xué)檢測(cè)方法雖然細(xì)胞干擾小，但受限于蛋白質(zhì)通量以及電化學(xué)活性的要求，無(wú)法對(duì)多種蛋白質(zhì)進(jìn)行同時(shí)檢測(cè)。
質(zhì)譜作為研究蛋白質(zhì)組學(xué)的一種常規(guī)方法，其靈敏度高，通過(guò)已有的蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)，可以同時(shí)對(duì)上萬(wàn)種蛋白質(zhì)進(jìn)行定性以及定量，并且可以提供豐富的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)信息。但是由于單個(gè)體細(xì)胞內(nèi)的蛋白質(zhì)總量平均只有約100pg，利用質(zhì)譜直接進(jìn)行檢測(cè)會(huì)面臨樣本復(fù)雜度和單細(xì)胞靈敏度等挑戰(zhàn)，因此質(zhì)譜前的分離技術(shù)對(duì)于提高方法檢測(cè)靈敏度以及蛋白質(zhì)定性定量的準(zhǔn)確度來(lái)說(shuō)十分必要。
細(xì)胞是構(gòu)成生物體的基本單位，由于遺傳因素、生化噪音、細(xì)胞微環(huán)境等諸多因素使得單個(gè)細(xì)胞之間存在著廣泛的異質(zhì)性。因此，單細(xì)胞研究不僅可使人類(lèi)對(duì)細(xì)胞與生命的本質(zhì)有更為精確的認(rèn)識(shí)，同時(shí)也為疾病的診斷、分型、治療以及預(yù)后提供了更為強(qiáng)有力的工具。蛋白質(zhì)作為生命活動(dòng)的主要承擔(dān)者，可以為其提供更為直接且更有價(jià)值的表型信息，因此成為單細(xì)胞研究的熱點(diǎn)目標(biāo)。
單細(xì)胞蛋白質(zhì)組學(xué)服務(wù)需要注意的要點(diǎn)如下：
注意數(shù)據(jù)的質(zhì)控。
預(yù)處理和質(zhì)控時(shí)，注意去除低質(zhì)量單細(xì)胞數(shù)據(jù)。
在做生信分析前，建議再次篩選出高質(zhì)量單細(xì)胞數(shù)據(jù)集。
